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td0605

木虫 (著名写手)

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[求助] 同源模建，模板如何选择

各位前辈：大家好！
我研究一个蛋白A，与它同源的蛋白B（相似度65%）的三维结构已解析。我想以B为模板，同源模建A。
蛋白B已解析的构像中，既有与配基结合的构像，也有不与配基结合的构像。
请问如果要进行同源模建，应该选择有配基的还是没有配基的构像做模板？
谢谢！

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1楼 2011-04-30 12:20:44

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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

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【答案】应助回帖

★ ★
td0605(金币+2): Thanks！ 2011-06-11 20:28:17
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-11 22:26:51

都可以吧，要是想得到更为准确的结果，接下来需要跟配体一起跑动力学的

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2楼2011-06-11 15:03:23

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zh1987hs

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御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-06-15 09:48:12

引用回帖:

Originally posted by td0605 at 2011-04-30 12:20:44:
各位前辈：大家好！
我研究一个蛋白A，与它同源的蛋白B（相似度65%）的三维结构已解析。我想以B为模板，同源模建A。
蛋白B已解析的构像中，既有与配基结合的构像，也有不与配基结合的构像。
请问如果要进行同源 ...

这个应该视你的目的而定，如果你模建的蛋白目的是为了研究受-配体相互作用，你可以选择配体结合的构象，如果是研究热稳定性等与配体无关的性质，可以用不含配体的构象

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