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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 我们做荧光定量CT值有一个阈值线，这个阈值线可以手动调吗？
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hubeilj1108

铁虫 (初入文坛)

[交流] 我们做荧光定量CT值有一个阈值线，这个阈值线可以手动调吗？

我们做荧光定量CT值有一个阈值线，这个阈值线可以手动调吗？相同的基因我们需要把阈值线调到一个一个标准吗？那么这样手动调以后那么多板都要调的话会不会很麻烦，我想问那个机器自动生成的阈值线会不会相同的基因都是一个值
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1楼 2011-04-26 15:25:35
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西瓜

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hubeilj1108(金币+1): 2011-04-26 19:09:02
dhd997(金币+5): good 2011-04-26 19:29:09
1.阈值线可以手动调的，只要是在指数扩增期就可以了，不会影响最后的结果。
2.阈值线不是针对某一个基因，是针对“同一次PCR”里面的所有样品、所有基因，并不是“相同的基因阈值线都一样”哦。不同次的PCR，阈值线一般不一样。
3.软件一般都可以根据某此PCR里所有样品的扩增曲线，自动设置阈值线。一般就用软件自动设置的就ok啦。

说得不是很详细，因为我觉得阈值的定义啥的你一定很清楚了。如果还不清楚就再问我吧。

[ Last edited by 西瓜 on 2011-4-26 at 16:26 ]
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2楼2011-04-26 16:22:28
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tank1917

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hubeilj1108(金币+1): 2011-04-26 19:09:12
还真没调过，但是不同板的阈值是不一样的，也没有必要手动调。LZ可以看看这个http://pathmicro.med.sc.edu/pcr/realtime-home.htm
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3楼2011-04-26 16:30:04
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sxxuan

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Originally posted by tank1917 at 2011-04-26 16:30:04:
还真没调过，但是不同板的阈值是不一样的，也没有必要手动调。LZ可以看看这个http://pathmicro.med.sc.edu/pcr/realtime-home.htm

顶这个链接，呵呵
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4楼2011-04-26 16:53:15
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475502411

铜虫 (著名写手)
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Originally posted by hubeilj1108 at 2011-04-26 15:25:35:
我们做荧光定量CT值有一个阈值线，这个阈值线可以手动调吗？相同的基因我们需要把阈值线调到一个一个标准吗？那么这样手动调以后那么多板都要调的话会不会很麻烦，我想问那个机器自动生成的阈值线会不会相同的基因 ...

楼主说的挺详细的，我也知道阈值是可以调的，我有个问题：如果计算基因的相对表达量，也设有内参基因，不同版子跑出来的结果可以使用同一个参照样的ct值嘛？
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5楼2011-04-26 18:53:36
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西瓜

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Originally posted by 475502411 at 2011-04-26 18:53:36:
楼主说的挺详细的，我也知道阈值是可以调的，我有个问题：如果计算基因的相对表达量，也设有内参基因，不同版子跑出来的结果可以使用同一个参照样的ct值嘛？

你说的不同板子是指不同次的PCR吧？这个是不可以的哦。PCR是一个灵敏的反应，起始条件的细微改变都会造成很大的变化，而且影响PCR的因素很多，所以只有同一次跑的PCR样品才能比较。相对定量的话，如果没有内参也是可以比较的。内参可以矫正样品量的差异，如果精度要求不高，也是可以省的。但是如果要发表文章，内参基因是需要的。
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6楼2011-04-26 20:02:06
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475502411

铜虫 (著名写手)
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Originally posted by 西瓜 at 2011-04-26 20:02:06:
你说的不同板子是指不同次的PCR吧？这个是不可以的哦。PCR是一个灵敏的反应，起始条件的细微改变都会造成很大的变化，而且影响PCR的因素很多，所以只有同一次跑的PCR样品才能比较。相对定量的话，如果没有内参 ...

哦，内参是消除样品之间的误差，不能平衡各批次PCR之间的差异，是吧？
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7楼2011-04-26 20:57:49
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西瓜

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Originally posted by 475502411 at 2011-04-26 20:57:49:
哦，内参是消除样品之间的误差，不能平衡各批次PCR之间的差异，是吧？

嗯，就是这样，呵呵~
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8楼2011-04-27 11:10:35
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475502411

铜虫 (著名写手)
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收获不小，在此谢谢！！！！！
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9楼2011-04-27 15:01:28
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