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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » encut测试是否需要修改要提交的作业脚本
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dingfengbo

新虫 (小有名气)

[求助] encut测试是否需要修改要提交的作业脚本

我想做encut测试这是我的encut脚本：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for a in 400 450 500 550 600 650 700 750
do
cat >INCAR < SYSTEM=CGa
LPLANE=.TRUE.
NPAR=8
LREAL = .TRUE.
PREC    = Accurate
EDIFF   =1E-6
EDIFFG  = -0.03      
IALGO   = 48         
NELMIN  = 4         
ISYM    = 0         
ISPIN = 1
NBANDS = 240
LCHARG  = .TRUE.
LWAVE   = .TRUE.     
LVTOT   = .FALSE.
NBLOCK  = 1         
NSW     = 10
IBRION  = 2
POTIM=0.3
ISMEAR = 0   
SIGMA = 0.05
ENCUT=$a
ISTART=0;ICHARG=2
!
echo "ENCUT=$a eV"
vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $a $E >>comment
done
测试的时候我想将之提交，下面是我的作业脚本：
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -u XX
#PBS -N YY

JOBINFOR=$PBS_JOBID
MASTERNODE=`hostname`
SCRATCHDIR=$PBS_JOBID
NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

SERVER=$PBS_O_HOST
WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR
MKDIR=/bin/mkdir
RSH=/usr/bin/rsh
CP=/bin/cp
cat $PBS_NODEFILE > $WORKDIR/mpihosts
LAUNCH="mpirun --hostfile  $WORKDIR/mpihosts -np $NCPU"
PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"

${RSH} ${MASTERNODE}
cd ${WORKDIR}
${MKDIR} ${SCRATCHDIR}
cd ${SCRATCHDIR}
${CP} ${WORKDIR}/* .
${LAUNCH}  ${PROGRAMEXEC} > out 2>&1
请问我怎样修改作业脚本才能进行encut测试的计算呢？谢谢
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1楼 2011-04-22 16:37:10
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dingfengbo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by haowenping at 2011-05-07 19:07:03:
你好，请问你有没有实现在pbs下优化你的那个截断能脚本？我现在也被这个问题困惑，如果你会了的话麻烦指教下我，谢谢了！

你好！按照2楼说的就可以实现了，不知道你想问什么？
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4楼2011-05-08 12:52:45
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bingmou

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢指导。 2011-04-23 08:13:11
如果知识测试小体系的话，建议不要提交，直接单机运行。如果是大体系的话，估计一个ecut就可以了，如果全部是金属，400eV足够；如果有O，N可能要700eV。其他的都可以采用赝势中默认值。
如果一定要提交，可以考虑把这句
PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"
改为
PROGRAMEXEC='脚本位置”
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-22 22:58:54
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haowenping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by dingfengbo at 2011-04-22 16:37:10:
我想做encut测试这是我的encut脚本：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for a in 400 450 500 550 600 650 700 750
do
cat >INCAR <<!
SYSTEM=CGa
LPLANE=.TRUE.
NPAR=8
LREAL = .TRUE.
PREC    = Accura ...

你好，请问你有没有实现在pbs下优化你的那个截断能脚本？我现在也被这个问题困惑，如果你会了的话麻烦指教下我，谢谢了！
赞一下 回复此楼
人有多大胆，地有多大产！
3楼2011-05-07 19:07:03
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲

【答案】应助回帖

★
bingmou(金币+1, 1ST强帖+1): 感谢交流！ 2011-05-10 16:52:58
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2011-04-22 22:58:54:
如果知识测试小体系的话，建议不要提交，直接单机运行。如果是大体系的话，估计一个ecut就可以了，如果全部是金属，400eV足够；如果有O，N可能要700eV。其他的都可以采用赝势中默认值。
如果一定要提交，可以考虑 ...

个人意见：PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp" 改为 PROGRAMEXEC='脚本位置”是不行的，最后一行其实就是一个运行并行的vasp程序的指令。如果改成脚本位置，那运行的程序也就是vasp都不能调用。只是楼主注意下变量PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"设置在你的机器上是正确的就行。还有就是我觉得这个脚本写得罗里罗嗦， 我整合个简单点的 看着清楚的 供楼主参考下：
#!/bin/bash
#PBS -N 5-zmos2nrbig
#PBS -j oe
#PBS -q vasp
#PBS -l walltime=9999:00:00
#PBS -l nodes=2:ppn=8

rm WAVECAR
for a in 400 450 500 550 600 650 700 750
do
cat >INCAR < SYSTEM=CGa
LPLANE=.TRUE.
NPAR=8
LREAL = .TRUE.
PREC    = Accurate
EDIFF   =1E-6
EDIFFG  = -0.03      
IALGO   = 48         
NELMIN  = 4         
ISYM    = 0         
ISPIN = 1
NBANDS = 240
LCHARG  = .TRUE.
LWAVE   = .TRUE.     
LVTOT   = .FALSE.
NBLOCK  = 1         
NSW     = 10
IBRION  = 2
POTIM=0.3
ISMEAR = 0   
SIGMA = 0.05
ENCUT=$a
ISTART=0;ICHARG=2
!
echo "ENCUT=$a eV"
mpirun XXX(此处是mpi的设置参数，根据自己的机器设置） ./vasp > ./out（此处将vasp程序 vasp必须的文件和脚本放同一目录，要嫌麻烦就在脚本里加几个变量把路径写进去）
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $a $E >>comment
done
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天行健君子以自强不息
5楼2011-05-10 11:04:26
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