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dingfengbo新虫 (小有名气)
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encut测试是否需要修改要提交的作业脚本
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我想做encut测试这是我的encut脚本： #!/bin/sh rm WAVECAR for a in 400 450 500 550 600 650 700 750 do cat >INCAR < SYSTEM=CGa LPLANE=.TRUE. NPAR=8 LREAL = .TRUE. PREC = Accurate EDIFF =1E-6 EDIFFG = -0.03 IALGO = 48 NELMIN = 4 ISYM = 0 ISPIN = 1 NBANDS = 240 LCHARG = .TRUE. LWAVE = .TRUE. LVTOT = .FALSE. NBLOCK = 1 NSW = 10 IBRION = 2 POTIM=0.3 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.05 ENCUT=$a ISTART=0;ICHARG=2 ! echo "ENCUT=$a eV" vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $a $E >>comment done 测试的时候我想将之提交，下面是我的作业脚本： #!/bin/sh #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -u XX #PBS -N YY JOBINFOR=$PBS_JOBID MASTERNODE=`hostname` SCRATCHDIR=$PBS_JOBID NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE` SERVER=$PBS_O_HOST WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR MKDIR=/bin/mkdir RSH=/usr/bin/rsh CP=/bin/cp cat $PBS_NODEFILE > $WORKDIR/mpihosts LAUNCH="mpirun --hostfile $WORKDIR/mpihosts -np $NCPU" PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp" ${RSH} ${MASTERNODE} cd ${WORKDIR} ${MKDIR} ${SCRATCHDIR} cd ${SCRATCHDIR} ${CP} ${WORKDIR}/* . ${LAUNCH} ${PROGRAMEXEC} > out 2>&1 请问我怎样修改作业脚本才能进行encut测试的计算呢？谢谢 |
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 Photochemistry |
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2楼2011-04-22 22:58:54
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bingmou(金币+1, 1ST强帖+1): 感谢交流！ 2011-05-10 16:52:58
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个人意见：PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp" 改为 PROGRAMEXEC='脚本位置”是不行的，最后一行其实就是一个运行并行的vasp程序的指令。如果改成脚本位置，那运行的程序也就是vasp都不能调用。只是楼主注意下变量PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"设置在你的机器上是正确的就行。还有就是我觉得这个脚本写得罗里罗嗦， 我整合个简单点的 看着清楚的 供楼主参考下： #!/bin/bash #PBS -N 5-zmos2nrbig #PBS -j oe #PBS -q vasp #PBS -l walltime=9999:00:00 #PBS -l nodes=2:ppn=8 rm WAVECAR for a in 400 450 500 550 600 650 700 750 do cat >INCAR < SYSTEM=CGa LPLANE=.TRUE. NPAR=8 LREAL = .TRUE. PREC = Accurate EDIFF =1E-6 EDIFFG = -0.03 IALGO = 48 NELMIN = 4 ISYM = 0 ISPIN = 1 NBANDS = 240 LCHARG = .TRUE. LWAVE = .TRUE. LVTOT = .FALSE. NBLOCK = 1 NSW = 10 IBRION = 2 POTIM=0.3 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.05 ENCUT=$a ISTART=0;ICHARG=2 ! echo "ENCUT=$a eV" mpirun XXX(此处是mpi的设置参数，根据自己的机器设置） ./vasp > ./out（此处将vasp程序 vasp必须的文件和脚本放同一目录，要嫌麻烦就在脚本里加几个变量把路径写进去） E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $a $E >>comment done |
5楼2011-05-10 11:04:26
