| 查看: 1575 | 回复: 4 | |||
| 本帖产生 2 个 1ST强帖 ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
dingfengbo新虫 (小有名气)
|
[求助]
encut测试是否需要修改要提交的作业脚本
|
||
|
我想做encut测试这是我的encut脚本： #!/bin/sh rm WAVECAR for a in 400 450 500 550 600 650 700 750 do cat >INCAR < SYSTEM=CGa LPLANE=.TRUE. NPAR=8 LREAL = .TRUE. PREC = Accurate EDIFF =1E-6 EDIFFG = -0.03 IALGO = 48 NELMIN = 4 ISYM = 0 ISPIN = 1 NBANDS = 240 LCHARG = .TRUE. LWAVE = .TRUE. LVTOT = .FALSE. NBLOCK = 1 NSW = 10 IBRION = 2 POTIM=0.3 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.05 ENCUT=$a ISTART=0;ICHARG=2 ! echo "ENCUT=$a eV" vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $a $E >>comment done 测试的时候我想将之提交，下面是我的作业脚本： #!/bin/sh #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -u XX #PBS -N YY JOBINFOR=$PBS_JOBID MASTERNODE=`hostname` SCRATCHDIR=$PBS_JOBID NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE` SERVER=$PBS_O_HOST WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR MKDIR=/bin/mkdir RSH=/usr/bin/rsh CP=/bin/cp cat $PBS_NODEFILE > $WORKDIR/mpihosts LAUNCH="mpirun --hostfile $WORKDIR/mpihosts -np $NCPU" PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp" ${RSH} ${MASTERNODE} cd ${WORKDIR} ${MKDIR} ${SCRATCHDIR} cd ${SCRATCHDIR} ${CP} ${WORKDIR}/* . ${LAUNCH} ${PROGRAMEXEC} > out 2>&1 请问我怎样修改作业脚本才能进行encut测试的计算呢？谢谢 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Photochemistry |
» 猜你喜欢
filecode，4个jtjc了
已经有11人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有117人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有12人回复
-
为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？
已经有4人回复
-
今天放榜吗？
已经有13人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有8人回复
-
2027广东省杰青
已经有10人回复
-
朋友圈看到的
已经有8人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有14人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有30人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- PEMFC膜电极测试循环伏安
已经有7人回复
- vasp中做encut测试
已经有6人回复
- 请问从这个红外谱图上可以得到什么信息，要进一步确认分子结构还需要做什么测试！
已经有9人回复
- RSC杂志，评审人和编辑要求修改，请问revision最迟什么时候提交？
已经有4人回复
- 测试薄膜截面SEM如何制样
已经有5人回复
- 物理学报 修改后终审 录用几率多大？修改稿是否需要排版？
已经有7人回复
- 请大侠帮看一下74个原子ENCUT测试应该选哪个值？
已经有9人回复
- ENCUT测试脚本
已经有17人回复
- 为什么我进行ENCUT测试时是这个样子的？问题出在哪里？
已经有8人回复
- IV曲线测试pn节的样品要求
已经有3人回复
- 求助：提交修改稿后，需要电话询问吗？
已经有8人回复
- [求助]申请公派读博合作项目的同学是否需要提交申请学校时的原材料？
已经有24人回复
- 大修文章提交的修改稿需要对原稿进行标注吗？
已经有4人回复
- 提交修改稿，其中的*Research Highlights和Graphical Abstract是需要提交什么东西？
已经有8人回复
haowenping
木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2330.2
- 散金: 384
- 红花: 5
- 帖子: 1104
- 在线: 244.5小时
- 虫号: 1124850
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2011-05-07 19:07:03
2楼2011-04-22 22:58:54
dingfengbo
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 79
- 帖子: 70
- 在线: 38.4小时
- 虫号: 939022
- 注册: 2010-01-08
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2011-05-08 12:52:45
xiao72379
木虫 (正式写手)
宅男甲
- 1ST强帖: 2
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 4314.3
- 散金: 303
- 红花: 5
- 帖子: 454
- 在线: 580.7小时
- 虫号: 638344
- 注册: 2008-10-27
- 性别: GG
- 专业: 半导体材料
【答案】应助回帖
★
bingmou(金币+1, 1ST强帖+1): 感谢交流！ 2011-05-10 16:52:58
bingmou(金币+1, 1ST强帖+1): 感谢交流！ 2011-05-10 16:52:58
|
个人意见：PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp" 改为 PROGRAMEXEC='脚本位置”是不行的，最后一行其实就是一个运行并行的vasp程序的指令。如果改成脚本位置，那运行的程序也就是vasp都不能调用。只是楼主注意下变量PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"设置在你的机器上是正确的就行。还有就是我觉得这个脚本写得罗里罗嗦， 我整合个简单点的 看着清楚的 供楼主参考下： #!/bin/bash #PBS -N 5-zmos2nrbig #PBS -j oe #PBS -q vasp #PBS -l walltime=9999:00:00 #PBS -l nodes=2:ppn=8 rm WAVECAR for a in 400 450 500 550 600 650 700 750 do cat >INCAR < SYSTEM=CGa LPLANE=.TRUE. NPAR=8 LREAL = .TRUE. PREC = Accurate EDIFF =1E-6 EDIFFG = -0.03 IALGO = 48 NELMIN = 4 ISYM = 0 ISPIN = 1 NBANDS = 240 LCHARG = .TRUE. LWAVE = .TRUE. LVTOT = .FALSE. NBLOCK = 1 NSW = 10 IBRION = 2 POTIM=0.3 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.05 ENCUT=$a ISTART=0;ICHARG=2 ! echo "ENCUT=$a eV" mpirun XXX(此处是mpi的设置参数，根据自己的机器设置） ./vasp > ./out（此处将vasp程序 vasp必须的文件和脚本放同一目录，要嫌麻烦就在脚本里加几个变量把路径写进去） E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $a $E >>comment done |
5楼2011-05-10 11:04:26
