应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » encut测试是否需要修改要提交的作业脚本
51/1返回列表
查看: 1388  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 2 个 1ST强帖 ，点击这里进行查看

dingfengbo

新虫 (小有名气)

[求助] encut测试是否需要修改要提交的作业脚本

我想做encut测试这是我的encut脚本：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for a in 400 450 500 550 600 650 700 750
do
cat >INCAR < SYSTEM=CGa
LPLANE=.TRUE.
NPAR=8
LREAL = .TRUE.
PREC    = Accurate
EDIFF   =1E-6
EDIFFG  = -0.03      
IALGO   = 48         
NELMIN  = 4         
ISYM    = 0         
ISPIN = 1
NBANDS = 240
LCHARG  = .TRUE.
LWAVE   = .TRUE.     
LVTOT   = .FALSE.
NBLOCK  = 1         
NSW     = 10
IBRION  = 2
POTIM=0.3
ISMEAR = 0   
SIGMA = 0.05
ENCUT=$a
ISTART=0;ICHARG=2
!
echo "ENCUT=$a eV"
vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $a $E >>comment
done
测试的时候我想将之提交，下面是我的作业脚本：
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -u XX
#PBS -N YY

JOBINFOR=$PBS_JOBID
MASTERNODE=`hostname`
SCRATCHDIR=$PBS_JOBID
NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

SERVER=$PBS_O_HOST
WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR
MKDIR=/bin/mkdir
RSH=/usr/bin/rsh
CP=/bin/cp
cat $PBS_NODEFILE > $WORKDIR/mpihosts
LAUNCH="mpirun --hostfile  $WORKDIR/mpihosts -np $NCPU"
PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"

${RSH} ${MASTERNODE}
cd ${WORKDIR}
${MKDIR} ${SCRATCHDIR}
cd ${SCRATCHDIR}
${CP} ${WORKDIR}/* .
${LAUNCH}  ${PROGRAMEXEC} > out 2>&1
请问我怎样修改作业脚本才能进行encut测试的计算呢？谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Photochemistry

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-04-22 16:37:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢指导。 2011-04-23 08:13:11
如果知识测试小体系的话，建议不要提交，直接单机运行。如果是大体系的话，估计一个ecut就可以了，如果全部是金属，400eV足够；如果有O，N可能要700eV。其他的都可以采用赝势中默认值。
如果一定要提交，可以考虑把这句
PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"
改为
PROGRAMEXEC='脚本位置”
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-22 22:58:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haowenping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by dingfengbo at 2011-04-22 16:37:10:
我想做encut测试这是我的encut脚本：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for a in 400 450 500 550 600 650 700 750
do
cat >INCAR <<!
SYSTEM=CGa
LPLANE=.TRUE.
NPAR=8
LREAL = .TRUE.
PREC    = Accura ...

你好，请问你有没有实现在pbs下优化你的那个截断能脚本？我现在也被这个问题困惑，如果你会了的话麻烦指教下我，谢谢了！
赞一下 回复此楼
人有多大胆，地有多大产！
3楼2011-05-07 19:07:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dingfengbo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by haowenping at 2011-05-07 19:07:03:
你好，请问你有没有实现在pbs下优化你的那个截断能脚本？我现在也被这个问题困惑，如果你会了的话麻烦指教下我，谢谢了！

你好！按照2楼说的就可以实现了，不知道你想问什么？
赞一下 回复此楼
4楼2011-05-08 12:52:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲

【答案】应助回帖

★
bingmou(金币+1, 1ST强帖+1): 感谢交流！ 2011-05-10 16:52:58
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2011-04-22 22:58:54:
如果知识测试小体系的话，建议不要提交，直接单机运行。如果是大体系的话，估计一个ecut就可以了，如果全部是金属，400eV足够；如果有O，N可能要700eV。其他的都可以采用赝势中默认值。
如果一定要提交，可以考虑 ...

个人意见：PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp" 改为 PROGRAMEXEC='脚本位置”是不行的，最后一行其实就是一个运行并行的vasp程序的指令。如果改成脚本位置，那运行的程序也就是vasp都不能调用。只是楼主注意下变量PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"设置在你的机器上是正确的就行。还有就是我觉得这个脚本写得罗里罗嗦， 我整合个简单点的 看着清楚的 供楼主参考下：
#!/bin/bash
#PBS -N 5-zmos2nrbig
#PBS -j oe
#PBS -q vasp
#PBS -l walltime=9999:00:00
#PBS -l nodes=2:ppn=8

rm WAVECAR
for a in 400 450 500 550 600 650 700 750
do
cat >INCAR < SYSTEM=CGa
LPLANE=.TRUE.
NPAR=8
LREAL = .TRUE.
PREC    = Accurate
EDIFF   =1E-6
EDIFFG  = -0.03      
IALGO   = 48         
NELMIN  = 4         
ISYM    = 0         
ISPIN = 1
NBANDS = 240
LCHARG  = .TRUE.
LWAVE   = .TRUE.     
LVTOT   = .FALSE.
NBLOCK  = 1         
NSW     = 10
IBRION  = 2
POTIM=0.3
ISMEAR = 0   
SIGMA = 0.05
ENCUT=$a
ISTART=0;ICHARG=2
!
echo "ENCUT=$a eV"
mpirun XXX(此处是mpi的设置参数，根据自己的机器设置） ./vasp > ./out（此处将vasp程序 vasp必须的文件和脚本放同一目录，要嫌麻烦就在脚本里加几个变量把路径写进去）
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $a $E >>comment
done
赞一下(2人) 回复此楼
天行健君子以自强不息
5楼2011-05-10 11:04:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dingfengbo 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然面上和省基金B类撒花 +6 花田半亩～白 2026-04-21 6/300 2026-04-22 10:55 by 3126142009
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +5 yexuqing 2026-04-19 5/250 2026-04-22 10:01 by easeheart
[论文投稿] 急需审稿人！！！ +3 陆小果画大饼 2026-04-21 3/150 2026-04-21 23:54 by jzy_123456
[考研] 一志愿A区211，22408 321求调剂 +7 随心所欲☆ 2026-04-15 8/400 2026-04-21 08:22 by Equinoxhua
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗 +11 否极泰来2026 2026-04-15 13/650 2026-04-20 22:31 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭