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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » ENCUT测试脚本
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butterflyyh

木虫 (著名写手)

[求助] ENCUT测试脚本

使用VASP的ENCUT测试脚本optencut.sh：
rm WAVECAR
for i in 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR < SYSTEM = bcc Fe
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"; time vasp
E=$(grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1| awk '{printf "%12.6f \n", $5}')
echo $i $E >> comment
done
执行后出错：syntax error: unexpected end of file
optencut.sh脚本是我按照VASP计算前的验证写的，请问有没有人知道出错原因？多谢
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nothingisimpossible
1楼2011-08-13 22:05:50
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)

有志者

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引用回帖:
1楼: Originally posted by butterflyyh at 2011-08-13 22:05:50:
使用VASP的ENCUT测试脚本optencut.sh：
rm WAVECAR
for i in 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = bcc Fe
ENCUT = $i
...

问题出在最后两句上 修改结果如下
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'`
echo $i $E >> comment

应该就没有问题了。
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11楼2011-08-19 16:36:47
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普通回帖

leehb870605

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
butterflyyh(金币+15): 2011-08-17 18:01:40
youzhizhe(金币+3): 谢谢交流。 2011-08-17 19:56:40
1，脚本第一行的
#!/bin/sh
这句话不知道你写了没有，

2，如果你是在WINDOWS环境下的写的脚本，然后再在LINUX环境下运行，可能就会出如下问题，下面是我转的

Shell 尴尬一: syntax error:unexpected end of file
2010-05-23 21:20
在windows下写好了Shell 但是在linux下用
>> sh -n [filesName]  检查语法总是出一个错误 syntax error:unexpected end of file
原因如下:
dos文件传输到unix系统时,会在每行的结尾多一个^M,在vi的时候,当你用如下命令：
>>vi dos.txt
>>:set fileformat=unix
>>:w
就会看到这些存在于每行结尾的^M符号，这个就是产生syntax error:unexpected end of file的原因
解决方案：
在vi下把这些^M都删除后, 搞定！

3，E=$(grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1| awk '{printf "%12.6f \n", $5}') 这一句在我那里曾经出过问题，我把它更改过，再每次循环时ECHO一个总能，只是没有这句话后面那些控制输出格式的东西罢了，也可以尝试把这句删掉再试试（个人意见）
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2楼2011-08-16 14:57:44
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butterflyyh

木虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe: 建议你采用“引用回复”。 2011-08-17 19:57:07
mazuju028(金币+2): 谢谢交流 2011-08-19 08:26:07
1. 第一行的#!/bin/sh加了；

2.是在LINUX下直接编写的，没有每行结尾的^M符号现象；

3.不知道你有没遇到VASP没运算完就读取i 循环的现象？
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nothingisimpossible
3楼2011-08-17 18:04:49
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w76990480

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★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-08-18 18:00:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by butterflyyh at 2011-08-17 18:04:49:
1. 第一行的#!/bin/sh加了；

2.是在LINUX下直接编写的，没有每行结尾的^M符号现象；

3.不知道你有没遇到VASP没运算完就读取i 循环的现象？

如果是运行这个脚本的话，应该没有出现3的现象，我是没有遇见过
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专业文献求助
4楼2011-08-17 22:39:29
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Tea_Candy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by w76990480 at 2011-08-17 22:39:29:
如果是运行这个脚本的话，应该没有出现3的现象，我是没有遇见过

您好 请教一下 我在运行这个脚本的时候就出现了3中所述的情况
time vasp这句我觉得值得商榷 因为我是在超算上算的
我把time vasp 这句改成了超算上提交任务的命令
结果运行发现 执行上述命令后 任务进入了排队状态 但脚本还是继续执行 结果就出现了3的情况
不知道您有没有办法解决这个问题 谢谢
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Life is more than Chemistry.
5楼2011-08-18 20:31:21
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w76990480

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★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-08-19 16:33:41
引用回帖:
5楼: Originally posted by Tea_Candy at 2011-08-18 20:31:21:
您好 请教一下 我在运行这个脚本的时候就出现了3中所述的情况
time vasp这句我觉得值得商榷 因为我是在超算上算的
我把time vasp 这句改成了超算上提交任务的命令
结果运行发现 执行上述命令后 任务进入了排 ...

我没有加time vasp这句
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专业文献求助
6楼2011-08-18 21:30:07
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Tea_Candy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by w76990480 at 2011-08-18 21:30:07:
我没有加time vasp这句

不加这句？？那怎么执行计算的任务呢？
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Life is more than Chemistry.
7楼2011-08-18 23:00:42
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w76990480

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7楼: Originally posted by Tea_Candy at 2011-08-18 23:00:42:
不加这句？？那怎么执行计算的任务呢？

你不加试一下，我也不知道这个time vasp是什么意思
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专业文献求助
8楼2011-08-18 23:04:33
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Tea_Candy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by w76990480 at 2011-08-18 23:04:33:
你不加试一下，我也不知道这个time vasp是什么意思

我试过了 这样不能执行计算任务。。。
能把您的计算脚本贴出来看看吗
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Life is more than Chemistry.
9楼2011-08-18 23:14:12
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butterflyyh

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Tea_Candy at 2011-08-18 20:31:21:
您好 请教一下 我在运行这个脚本的时候就出现了3中所述的情况
time vasp这句我觉得值得商榷 因为我是在超算上算的
我把time vasp 这句改成了超算上提交任务的命令
结果运行发现 执行上述命令后 任务进入了排 ...

我也是吧time vasp换成提交任务的命令，出现3的情况。现在还没攻克问题。。。谢谢
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nothingisimpossible
10楼2011-08-19 09:30:33
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