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京人会

木虫 (正式写手)

京虫子

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[求助] 请问一下DS做分子对接的步骤？

请问一下DS做分子对接的步骤？先谢谢了

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nothingisimpossible

1楼 2011-04-19 22:14:18

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

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专业: 药物设计与药物信息

【答案】应助回帖

★ ★
京人会(金币+2): 谢谢 2011-04-20 19:58:26
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-20 21:09:29

基于结构的药物设计技术在药物研发中起着非常重要的作用。在药物分子产生药效反应的过程中，药物分子与靶标相互结合，首先就需要两个分子充分接近，采取合适的取向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。
基于结构的药物设计主要采用的是分子对接技术。分子对接就是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效果，能比较好地避免其他方法中容易出现的局部作用较好而整体结合欠佳的情况。在药物设计中，分子对接方法主要用来从小分子数据库中搜寻与受体生物大分子有较好亲和力的小分子，进行药理测试，从中发现新的先导化合物。
简单介绍DS中的CDOCKER:
具体步骤为：
1. 定义蛋白为受体分子
2. 寻找受体中可能的结合部位
3. 从结合位点定义sphere球
4. 修改活性部位球半径
5. 打开配体小分子文件
6. 打开流程，修改参数
7. 运行分子对接计算，查看结果
8. 浏览对接poses
9.分析对接结果