| 查看: 8194 | 回复: 10 | |||||||
京人会木虫 (正式写手)
京虫子
|
[求助]
请问一下DS做分子对接的步骤？
|
| 请问一下DS做分子对接的步骤？先谢谢了 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Discovery Studio 常见问题及使用教程 | 分子对接问题锦集 | 精华帖转载 | 常用晶体学宝资料 |
» 猜你喜欢
极限拉扯，如何抉择
已经有15人回复
-
申请科研项目纯靠实力能成功吗？
已经有8人回复
-
中科院海洋所招收海洋材料相关领域博士研究生及研究助理
已经有4人回复
-
40+中年人失业后，还能找到好工作吗？
已经有3人回复
-
二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores
已经有4人回复
-
OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？
已经有13人回复
-
课题组会帮你通过考核么？
已经有7人回复
-
入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 20金币求DS分子对接视屏教程
已经有8人回复
- 请问在做药物分子对接时药物分子结构文件的准备
已经有9人回复
- 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
已经有14人回复
- 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？
已经有5人回复
- 【求助】分子对接请教
已经有7人回复
- 【求助】DS对接结果分析
已经有17人回复
- 【求助】请前辈高手帮帮忙
已经有7人回复
- 【求助】DS分子对接为什么出现0pose
已经有14人回复
- 【求助】FlexX如何进行共价对接？详细步骤（20金币奉送）
已经有5人回复
- 【求助】哪位能帮忙写一下DS中小分子和蛋白对接的方法啊？计算一下能量什么的？非常感
已经有12人回复
ts2009
木虫 (著名写手)
无业游民
- 模拟EPI: 1
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 1337.8
- 散金: 2793
- 红花: 10
- 帖子: 2352
- 在线: 1328.8小时
- 虫号: 811355
- 注册: 2009-07-18
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2011-04-20 15:54:23
ts2009
木虫 (著名写手)
无业游民
- 模拟EPI: 1
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 1337.8
- 散金: 2793
- 红花: 10
- 帖子: 2352
- 在线: 1328.8小时
- 虫号: 811355
- 注册: 2009-07-18
- 专业: 药物设计与药物信息
【答案】应助回帖
★ ★
京人会(金币+2): 谢谢 2011-04-20 19:58:26
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-20 21:09:29
京人会(金币+2): 谢谢 2011-04-20 19:58:26
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-20 21:09:29
|
基于结构的药物设计技术在药物研发中起着非常重要的作用。在药物分子产生药效反应的过程中，药物分子与靶标相互结合，首先就需要两个分子充分接近，采取合适的取向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。 基于结构的药物设计主要采用的是分子对接技术。分子对接就是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效果，能比较好地避免其他方法中容易出现的局部作用较好而整体结合欠佳的情况。在药物设计中，分子对接方法主要用来从小分子数据库中搜寻与受体生物大分子有较好亲和力的小分子，进行药理测试，从中发现新的先导化合物。 简单介绍DS中的CDOCKER: 具体步骤为： 1. 定义蛋白为受体分子 2. 寻找受体中可能的结合部位 3. 从结合位点定义sphere球 4. 修改活性部位球半径 5. 打开配体小分子文件 6. 打开流程，修改参数 7. 运行分子对接计算，查看结果 8. 浏览对接poses 9.分析对接结果 |
3楼2011-04-20 19:22:10
京人会
木虫 (正式写手)
京虫子
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 2106.9
- 红花: 9
- 帖子: 495
- 在线: 138.7小时
- 虫号: 759377
- 注册: 2009-04-28
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
4楼2011-04-20 21:26:31
sqfn
金虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 5486.6
- 散金: 332
- 红花: 2
- 帖子: 326
- 在线: 150小时
- 虫号: 971504
- 注册: 2010-03-15
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
5楼2011-04-24 15:33:46
chemozhang
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3431.1
- 散金: 462
- 红花: 12
- 帖子: 615
- 在线: 356小时
- 虫号: 282954
- 注册: 2006-10-08
- 性别: GG
- 专业: 药物学
6楼2011-09-05 19:26:04
chemozhang
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3431.1
- 散金: 462
- 红花: 12
- 帖子: 615
- 在线: 356小时
- 虫号: 282954
- 注册: 2006-10-08
- 性别: GG
- 专业: 药物学
7楼2011-09-05 19:26:07
8楼2012-12-27 23:05:11
yangzihui
铁杆木虫 (著名写手)
单萜类杀菌剂
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 11968.4
- 散金: 474
- 红花: 3
- 帖子: 1443
- 在线: 363.8小时
- 虫号: 1269717
- 注册: 2011-04-18
- 性别: GG
- 专业: 天然药物化学
请问Ds中蛋白质pdb文件从哪里下载，网上有吗 9楼2014-02-05 21:05:47
10楼2014-06-14 20:22:11
200