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silicare(EPI+1): 2011-04-18 18:59:35
引用回帖:
Originally posted by bioinfuture at 2011-04-10 10:02:54:
就是用MEGA生成进化树后,进化树下面的标尺表示什么意思的?他的单位是什么呢?还有根据进化树采用的方法会得到不同的标尺,这些都是什么含义呢?
我认为这是MEGA构建进化树最难理解的问题,我不是学习生物信息专 ...

的确,不同的建树方法会的不同的遗传距离。
通常的建树方法为:Neiboug Jiont, parasion, Max Likelyhood, UPGMA.

此外大家喜欢加入boostrap 通常为100, 或者1000、。


比如你建了一个树
The evolutionary history was inferred using the Neighbor-Joining method。

那么这个树的分支,和分支的长度是有意义的,这分枝的意义通过其长度来表示其遗传速率,突变率,进化率,等等,这些你都可以定义,如果默认的情况下:
with branch lengths in the same units as those of the evolutionary distances used to infer the phylogenetic tree。也就是每一突变单位,等于一个单位的进化距离,等于一个单位的树长。

所以一个树的最主要的参考就是那个标尺,这个标尺也可以进行人文的标定:如 1个单位树长度=两个突变率,=0.1%进化率,等等,根据自己试验对象而定,并且一定标注参考文献,否则,就是采用上面的默认情况。
8楼2011-04-16 11:54:32
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