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bioinfuture

铁虫 (小有名气)

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[交流] 【交流】MEGA构建进化树史上最难的问题求助，必有金币酬谢

就是用MEGA生成进化树后，进化树下面的标尺表示什么意思的？他的单位是什么呢？还有根据进化树采用的方法会得到不同的标尺，这些都是什么含义呢？
我认为这是MEGA构建进化树最难理解的问题，我不是学习生物信息专业的，希望有能够知道这方面知识的人告诉我哈。
谢谢

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1楼 2011-04-10 10:02:54

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reasonspare

木虫 (著名写手)

silicare(EPI+1): 2011-04-18 18:59:35

引用回帖:

Originally posted by bioinfuture at 2011-04-10 10:02:54:
就是用MEGA生成进化树后，进化树下面的标尺表示什么意思的？他的单位是什么呢？还有根据进化树采用的方法会得到不同的标尺，这些都是什么含义呢？
我认为这是MEGA构建进化树最难理解的问题，我不是学习生物信息专 ...

的确，不同的建树方法会的不同的遗传距离。
通常的建树方法为：Ｎｅｉｂｏｕｇ　Ｊｉｏｎｔ，　ｐａｒａｓｉｏｎ，　Ｍａｘ　Ｌｉｋｅｌｙｈｏｏｄ，　ＵＰＧＭＡ．

此外大家喜欢加入ｂｏｏｓｔｒａｐ　通常为１００，　或者１０００、。

比如你建了一个树
The evolutionary history was inferred using the Neighbor-Joining method。

那么这个树的分支，和分支的长度是有意义的，这分枝的意义通过其长度来表示其遗传速率，突变率，进化率，等等，这些你都可以定义，如果默认的情况下：
with branch lengths in the same units as those of the evolutionary distances used to infer the phylogenetic tree。也就是每一突变单位，等于一个单位的进化距离，等于一个单位的树长。

所以一个树的最主要的参考就是那个标尺，这个标尺也可以进行人文的标定：如　１个单位树长度＝两个突变率，＝０．１％进化率，等等，根据自己试验对象而定，并且一定标注参考文献，否则，就是采用上面的默认情况。