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御剑江湖

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天池冶海

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[交流] 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场已有7人参与

gromacs的分析程序很多，不知到各位平时都用到哪些呢？现在遇到的困惑是学会了做MD，但不会深入分析结果。我先说说我自己的,比较常规，抛砖引玉：
g_energy：能量提取和分析
g_dist：研究两个基团之间的距离波动
g_rms：研究某些基团的位置偏离
g_rmsf：计算温度因子，查看哪些残基波动较强
g_rmsf可取平均结构，用-ox参数输出
g_gyrate：分析蛋白质的回旋半径变化
蛋白质的回旋半径反应了蛋白质分子的体积和形状。同一体系的回旋半径越大，说明体系发生了膨胀。
g_gyrate –f md.trr –s md.tpr –o gyrate.xvg
g_sas：分析溶剂的可及表面积（SASA）
它是描述蛋白质疏水性的重要手段，氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用。
g_sas -f md.trr -s md.tpr -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg
do_dssp：分析蛋白质的二级结构变化
group务必选择protein，否则……
do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpm
g_dist和g_bond：提取两个原子间距离随时间变化
提取两个原子距离随时间变化，用g_dist和g_bond都可以。
g_dist的index写法是，在里面加入两个group，内容分别是这两个原子序号，运行比如g_dist -f a-sol-md.xtc -s a-sol-md.tpr -n index.ndx，之后会提示选择group，分别选择那两个group就行了，结果输出在dist.xvg，第二列是距离，后面三列是x/y/z的距离。
如果用g_bond，则index里新加入一个group，把两个原子都写进那一个group下。用的时候选这个group就行了，结果和g_dist的第二列的内容一样。
gromacs的分析程序很多，不知到各位平时都用到哪些呢？现在遇到的困惑是学会了做MD，但不会深入分析结果。我先说说我自己的,比较常规，抛砖引玉：
g_energy：能量提取和分析g_dist：研究两个基团之间的距离波动g_rms：研究某些基团的位置偏离g_rmsf：计算温度因子，查看哪些残基波动较强 g_rmsf可取平均结构，用-ox参数输出g_gyrate：分析蛋白质的回旋半径变化蛋白质的回旋半径反应了蛋白质分子的体积和形状。同一体系的回旋半径越大，说明体系发生了膨胀。 g_gyrate –f md.trr –s md.tpr –o gyrate.xvg g_sas：分析溶剂的可及表面积（SASA）它是描述蛋白质疏水性的重要手段，氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用。 g_sas -f md.trr -s md.tpr -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvgdo_dssp：分析蛋白质的二级结构变化 group务必选择protein，否则…… do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpmg_dist和g_bond：提取两个原子间距离随时间变化提取两个原子距离随时间变化，用g_dist和g_bond都可以。g_dist的index写法是，在里面加入两个group，内容分别是这两个原子序号，运行比如g_dist -f a-sol-md.xtc -s a-sol-md.tpr -n index.ndx，之后会提示选择group，分别选择那两个group就行了，结果输出在dist.xvg，第二列是距离，后面三列是x/y/z的距离。如果用g_bond，则index里新加入一个group，把两个原子都写进那一个group下。用的时候选这个group就行了，结果和g_dist的第二列的内容一样。

gromacs的分析程序很多，不知到各位平时都用到哪些呢？现在遇到的困惑是学会了做MD，但不会深入分析结果。我先说说我自己的,比较常规，抛砖引玉：g_energy：能量提取和分析g_dist：研究两个基团之间的距离波动g_rms：研究某些基团的位置偏离g_rmsf：计算温度因子，查看哪些残基波动较强g_rmsf可取平均结构，用-ox参数输出g_gyrate：分析蛋白质的回旋半径变化蛋白质的回旋半径反应了蛋白质分子的体积和形状。同一体系的回旋半径越大，说明体系发生了膨胀。g_gyrate –f md.trr –s md.tpr –o gyrate.xvgg_sas：分析溶剂的可及表面积（SASA）它是描述蛋白质疏水性的重要手段，氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用。g_sas -f md.trr -s md.tpr -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvgdo_dssp：分析蛋白质的二级结构变化group务必选择protein，否则……do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpmg_dist和g_bond：提取两个原子间距离随时间变化提取两个原子距离随时间变化，用g_dist和g_bond都可以。g_dist的index写法是，在里面加入两个group，内容分别是这两个原子序号，运行比如g_dist -f a-sol-md.xtc -s a-sol-md.tpr -n index.ndx，之后会提示选择group，分别选择那两个group就行了，结果输出在dist.xvg，第二列是距离，后面三列是x/y/z的距离。如果用g_bond，则index里新加入一个group，把两个原子都写进那一个group下。用的时候选这个group就行了，结果和g_dist的第二列的内容一样。

在gromacs中添加Amber力场（GROMACS4.5自带Amber力场）
Install FF:
所有信息来自http://folding.stanford.edu/ffamber/
1.下载力场：
http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1.tar.gz
(490 kB)
http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1-doc.tar.gz

(6.54 MB)带文献例子
2.解压缩
3.把aminoacides.dat、vdwradii.dat拷到top文件夹下覆盖，实际上一股脑考过去就完了。
4.子文件夹下的东西都拷到外面，也就是top里面。
5.修改FF.dat,修改第一行的数字，加上新添的力场数。
6.为每个新的力场增加新行，如：
ffamber94 AMBER94 Cornell protein/nucleic forcefield
ffamber99 AMBER99 Wang protein/nucleic acid forcefield
ffamber99p AMBER99p protein/nucleic forcefield
ffamber03 AMBER03 Duan protein/nucleic forcefield

[ Last edited by 御剑江湖 on 2011-4-9 at 09:48 ]

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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。

1楼2011-04-07 19:37:40

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changle

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专业: 生物大分子结构与功能

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引用回帖:

Originally posted by 奋斗1s at 2011-05-11 12:07:11:
我安装4.5.4版本的，出现：warning: openmpi version<1.4.1
我就下载了openmpi-1.5.3来安装，可是装不上，请问你用的是哪个版本的linux？重装openmpi有什么要注意的事情吗？我google的头晕都没有搞定……

我用的上海超算的服务器。openmpi 的安装没进行过，祝好运。