24小时热门版块排行榜    

查看: 1395  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zsl_321123

铁虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dmol优化 你可能没注意到的问题,讨论正在进行中......? 已有3人参与

看到群里面dmol适用者较多,而且好多人发站内信问我dmol的一些相关问题。
多数问题,我基本上还能应付,毕竟用dmol两年多了,也用它发了几篇文章。但是下面的问题,
我却不知道如何更好的解释,请大家共商量,征求高手的建议。

由于我做的是非周期性模型,优化的时候,一般是设置fine精度,而且优化的时候
通过频率来看我的model是否稳定。

但是最近有几个人问我优化晶体结构,勾选频率为什么老有虚频。

周期结构分为三类: 1.严格的a, b, c上都有周期性

                           2. 建表面,例如c方向上有真空层

                           3. 团簇,或自由小分子,放到一个大的box里面

这三个结构优化的时候,发现1和2基本上每次都有虚频,我认为第一和第二种情况优化的时候算虚频没多少道理,可是有个人的问题把我
难倒了,那为什么dmol在周期性表面吸附反应,搜索过渡态的时候,就算了频率呢,而且这个频率是一定要算的(为了验证过渡态搜索成功)。

不知道群里面大家是怎样看待这个问题的?

[ Last edited by zsl_321123 on 2011-4-1 at 09:40 ]
回复此楼
宁愿骑着自行车笑,不愿坐着宝马哭。。。。。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zsl_321123

铁虫 (正式写手)

感谢lonewolf659,“实际在计算中,我们一般用超胞建模,不优化晶胞参数的。这样的结果是体系在限制的晶胞参数下趋向局域最稳定,不能视为完全的优化。”

那你在做这一步优化的时候还要选上频率计算吗?感觉没必要了。
宁愿骑着自行车笑,不愿坐着宝马哭。。。。。
3楼2011-04-01 09:35:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

lonewolf659

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+3): 谢谢详细指点 2011-04-01 08:26:27
楼主的问题在5d6d也发了,我在那里回复了。现在copy到这里,不是为了骗分的哦。呵呵。版主不违规吧。

对于团簇模型,由于放在一个大盒子里,在不考虑体系和镜像的相互作用时,盒子的大小,即晶胞参数对体系没有影响。而且这种模型一般只取gamma点。此时的opt,完全可以看作是孤立体系的opt。因此,优化过程没有约束,体系一般能达到局域最稳定点。
但是对于周期型的块体和表面,除了在优化原胞时会选择优化晶胞参数,实际在计算中,我们一般用超胞建模,不优化晶胞参数的。这样的结果是体系在限制的晶胞参数下趋向局域最稳定,不能视为完全的优化。
而虚频的产生,意味着原子处在某个势能剖面的最高点,受力最大。因此虚频很可能是晶胞参数的限制造成的。不过这样的虚频应该不大,小于opt收敛设置的受力标准。
这是我个人的理解,等待高手指正。

[ Last edited by lonewolf659 on 2011-4-1 at 08:18 ]
差距,差距啊!
2楼2011-04-01 08:13:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流讨论 2011-04-01 16:33:55
这个频率计算完了可以看振动模式吧,通过这个来看这个虚频是与什么有关可以不?晶格有关就试着优化下晶格,原子有关就调整下原子...
不太懂~纯外行人士~路过
PS:不知道新版本dmol优化晶格的功能有没有好一些
4楼2011-04-01 16:13:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +4 炎黄贵胄 2026-08-22 5/250 2026-08-24 02:09 by 流流伤
[基金申请] 让我中一个面上吧! +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见