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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】晶体结构解析求助
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songxiao60

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】晶体结构解析求助

求助
晶体解完后,有三个H2O无法确定是否存在,在不命名者三个Q峰位O前检测的错误为:
Alert level A
PLAT043_ALERT_1_A Check Reported Molecular Weight ................     608.93      
PLAT078_ALERT_1_A No H-atoms, but _solution_hydrogens reported as        geom      
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O3     
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .        530 A**3

加上这三个O后检测的错误为:
Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
            Absolute value of the parameter shift to su ratio given   1.581
            Additional refinement cycles may be required.
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................       1.58      
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O3     
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O4     
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O5     
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......         O6     
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O1     ..  O4      ..       2.43 Ang.


现在不知道如何确定这3个Q峰是不是O,且 加上后 做完各项异性,椭球比其他的要怪异,(更大更扁.特向各位大牛求助!
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1楼 2011-03-26 22:12:23
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
songxiao60(金币+1): 2011-03-27 09:42:27
songxiao60(金币+2): 2011-03-27 09:46:57
菜鸟之见，残留Q峰是否为O，一是看晶体生成过程中是否有水生成或有水存在。二是看Q峰的值有多大（2+），三是看指定为O后，周围有无生成H键的环境。
你的A类好象是说，精修没收敛，需加大循环次数。O没加H，应该加上H试试。
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2楼2011-03-27 09:09:35
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songxiao60

银虫 (小有名气)
谢谢您的回答，我的Q峰在+2左右，加上这3个o后 精修就不收敛了。晶体实在水溶液中生成的，其中的一个游离水是可以确定 但是其他的3个O加上之后 ，椭球有点怪异，且不收敛了。
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3楼2011-03-27 09:45:47
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
nash603(金币+1): 谢谢回贴交流！ 2011-03-27 16:44:55
songxiao60(金币+3): 2011-03-28 14:09:13
椭球类似橄榄球倒是正常，因为水受其它的作用力较小，最大的只有H键了。只要给游离水加上H，再加大精修循环次数，应该是可以收敛的，在发帖之时，正学着给水加H呢，两个配位水和六个游离水，实在是很费功夫，还好，CHECKCIF的结果是A、B类消失了，只剩下C和G还有一堆。
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4楼2011-03-27 14:06:39
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lyl163com

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2011-03-27 14:06:39:
椭球类似橄榄球倒是正常，因为水受其它的作用力较小，最大的只有H键了。只要给游离水加上H，再加大精修循环次数，应该是可以收敛的，在发帖之时，正学着给水加H呢，两个配位水和六个游离水，实在是很费功夫，还好 ...

刚看到你的帖子，我也在学着给水分子加氢，可惜我一头雾水无从下手，大侠有没有给水分子加氢的相关资料(如用wingx计算水分子的氢之类的)给小弟分享一下，不甚感激！我的邮箱11me@163.com
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5楼2011-03-27 16:53:29
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songxiao60

银虫 (小有名气)
游离水的h加的方向很难确定，加完后出项A类错误 说加的H的方向不对，郁闷，请问您是怎么确定H的方向的。

[ Last edited by songxiao60 on 2011-3-28 at 14:13 ]
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6楼2011-03-28 14:11:35
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songxiao60

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2011-03-27 14:06:39:
椭球类似橄榄球倒是正常，因为水受其它的作用力较小，最大的只有H键了。只要给游离水加上H，再加大精修循环次数，应该是可以收敛的，在发帖之时，正学着给水加H呢，两个配位水和六个游离水，实在是很费功夫，还好 ...

游离水的h加的方向很难确定，加完后出项A类错误 说加的H的方向不对，郁闷，请问您是怎么确定H的方向的。
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7楼2011-03-28 14:12:10
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
songxiao60(金币+5): 2011-03-31 09:12:14
在INS文件中加入HTAB命令，精修后在LIS文件中有氢键列表和建议的H位置，可解决大部分问题。
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8楼2011-03-28 15:04:27
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冰雪香香茄

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by yytsnake at 2011-03-28 15:04:27
在INS文件中加入HTAB命令，精修后在LIS文件中有氢键列表和建议的H位置，可解决大部分问题。

您好，能否麻烦您帮我解个晶体啊？
   万分感谢
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9楼2014-11-06 09:56:25
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 冰雪香香茄 at 2014-11-06 09:56:25
您好，能否麻烦您帮我解个晶体啊？
   万分感谢...

水平有限，不过可发数据上来试一试。
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10楼2014-11-06 12:07:26
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