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songxiao60

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】晶体结构解析求助

求助
晶体解完后,有三个H2O无法确定是否存在,在不命名者三个Q峰位O前检测的错误为:
Alert level A
PLAT043_ALERT_1_A Check Reported Molecular Weight ................    608.93
PLAT078_ALERT_1_A No H-atoms, but _solution_hydrogens reported as       geom
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O3
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .       530 A**3

加上这三个O后检测的错误为:
Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
         Absolute value of the parameter shift to su ratio given 1.581
         Additional refinement cycles may be required.
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................    1.58
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O3
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O4
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O5
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O6
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O1    ..  O4    ..    2.43 Ang.

现在不知道如何确定这3个Q峰是不是O,且加上后做完各项异性,椭球比其他的要怪异,(更大更扁.特向各位大牛求助!

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1楼 2011-03-26 22:12:23

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lyl163com

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by yytsnake at 2011-03-27 14:06:39:
椭球类似橄榄球倒是正常，因为水受其它的作用力较小，最大的只有H键了。只要给游离水加上H，再加大精修循环次数，应该是可以收敛的，在发帖之时，正学着给水加H呢，两个配位水和六个游离水，实在是很费功夫，还好 ...

刚看到你的帖子，我也在学着给水分子加氢，可惜我一头雾水无从下手，大侠有没有给水分子加氢的相关资料(如用wingx计算水分子的氢之类的)给小弟分享一下，不甚感激！我的邮箱11me@163.com