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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】优化：怎样找到一个两个分子之间的相对位置
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daiyulan85

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】优化：怎样找到一个两个分子之间的相对位置

以前求助过，就是优化一个聚集体时，始终得不到正确的构型。要求就是两个分子之间的距离必须是3.9，有为高手指点过，加虚原子调试距离，然后固定优化。但是固定距离优化后，其相对位置就改变了。再多加些虚原子，固定相对位置，还是没有得到正确的构型。都是正常结束。请各位高手帮忙分析一下是什么原因，应该要怎么做。像这种聚集体会不会有专门调距离的方法呢？试着找过，但是没有找到
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1楼 2011-03-26 21:31:38
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boylc789

木虫 (著名写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
同问
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2楼2011-03-27 11:59:46
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mchen10

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+3): 2011-03-28 09:47:55
daiyulan85(金币+5): 2011-03-28 11:08:42
375642546: 2011-04-18 23:08:24
楼主你的计算有几个问题

3.9的距离已经是中程/长程作用力了，我不认为计算得到的优化构型有很好的物理意义

楼主是不是要用计算结果和实验数据比较？3.9是不是从晶体结构数据来的？这便是第二个问题计算的结果是真空气相单分子的，简单的优化是无法模拟出晶体结构的

既然已经知道分子的结构了，就不要优化了，调整好分子间距离做一个能量计算，至少还能提供一点点有用的信息
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4楼2011-03-28 09:07:55
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2011-03-28 09:07:55:
楼主你的计算有几个问题

3.9的距离已经是中程/长程作用力了，我不认为计算得到的优化构型有很好的物理意义

楼主是不是要用计算结果和实验数据比较？3.9是不是从晶体结构数据来的？这便是第二个问题计算的结 ...

3.9是一个实验数据，是别人做出来的，也试着找过是不是有晶体数据。我是想通过做这个分子的荧光来看分子之间的电子转移机理的。
再一个，你说的真空气相问题，是不是要加上溶剂？
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6楼2011-03-28 11:08:23
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erinic

新虫 (正式写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
这个问题有待我进一步研究
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7楼2011-03-28 18:28:03
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yongma2008

木虫 (著名写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
用什么方法算的？mp2?ccsd?或者其他？
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9楼2011-03-28 19:03:18
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-03-28 19:03:18:
用什么方法算的？mp2?ccsd?或者其他？

现在还只是简单的opt,用的是b3lyp/6-31g
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10楼2011-03-28 20:05:40
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yongma2008

木虫 (著名写手)
daiyulan85(金币+3): 2011-03-30 09:08:47
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-03-28 13:05:40:
现在还只是简单的opt,用的是b3lyp/6-31g

这个距离，b3lyp能行么？个人观点基组也不够大

[ Last edited by yongma2008 on 2011-3-29 at 12:52 ]
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12楼2011-03-29 19:50:16
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-03-29 19:50:16:
这个距离，b3lyp能行么？个人观点基组也不够大

[ Last edited by yongma2008 on 2011-3-29 at 12:52 ]

可以的，这个东西别人做过简单的优化，就是用的这个方法。
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13楼2011-03-30 09:08:01
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yongma2008

木虫 (著名写手)
daiyulan85(金币+1): 2011-03-30 18:28:20
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-03-30 02:08:01:
可以的，这个东西别人做过简单的优化，就是用的这个方法。

你可以试试mp2/aug-cc-pvdz,看看计算差别
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14楼2011-03-30 17:23:12
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wushidi

木虫 (小有名气)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
daiyulan85(金币+4): 2011-04-04 12:58:58
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-03-28 11:08:23:
3.9是一个实验数据，是别人做出来的，也试着找过是不是有晶体数据。我是想通过做这个分子的荧光来看分子之间的电子转移机理的。
再一个，你说的真空气相问题，是不是要加上溶剂？

如果你没有加溶剂模型的话，默认的计算都是在气相条件下进行的
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15楼2011-03-30 17:56:15
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-03-30 17:23:12:
你可以试试mp2/aug-cc-pvdz,看看计算差别

试过了，结果还是不行。最后表现出的都是氢键作用力，而不是我要的π-π堆积作用
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16楼2011-04-04 13:00:40
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happy111839

铜虫 (正式写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2011-03-28 09:07:55:
楼主你的计算有几个问题

3.9的距离已经是中程/长程作用力了，我不认为计算得到的优化构型有很好的物理意义

楼主是不是要用计算结果和实验数据比较？3.9是不是从晶体结构数据来的？这便是第二个问题计算的结 ...

你好，我想优化由阴离子和阳离子一起组成的离子对，但优化时总是得到两个中性的分子，该怎么办
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17楼2011-04-04 13:14:56
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
daiyulan85(金币+3): 2011-04-04 18:47:44
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-03-30 09:08:01:
可以的，这个东西别人做过简单的优化，就是用的这个方法。

怎么可能呢？求别人做的文献，要求提供期刊名、卷期号和页码
话说b3lyp做长程作用根本不行，您这都接近4个埃了，肯定不可能用b3lyp算好的
如果您非要用dft来做 要么加grimme的d校正，要么加cam校正，要么加lc校正
而且基组这么低 远程作用根本不可能算的
我猜 只要不固定原子 那么必然的 两个分子之间会排斥吧？
如果固定原子优化 得到的结果又有多大意义呢？恐怕不大吧
扛着b3lyp/6-31g*去算远程作用 误差是百分之一千
再次求您说的这篇成为“这个东西别人做过简单的优化”的文献的期刊名、卷期号和页码，看看到底是什么妖蛾子文章

[ Last edited by yjcmwgk on 2011-4-4 at 16:56 ]
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18楼2011-04-04 16:49:22
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by happy111839 at 2011-04-04 13:14:56:
你好，我想优化由阴离子和阳离子一起组成的离子对，但优化时总是得到两个中性的分子，该怎么办

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2456809
这个我解释过
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19楼2011-04-04 16:50:37
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-04-04 13:00:40:
试过了，结果还是不行。最后表现出的都是氢键作用力，而不是我要的π-π堆积作用

请问您如何确定“氢键作用力”还是“π-π堆积作用”呢？是AIM分析的还是通过距离猜的？都是波函数的交叠而已，两者能有多大区别啊。楼主这个体系必然是氢键作用+范德华作用同时存在的。事实上楼主您不必非要硬去靠近实验化学那些粗糙而且违背科学道理的概念，您只要用轨道耦合（至少在您这种KS方程+波普尔基组的条件下）解释清楚两个分子之间的相互作用 就完事了 通过轨道耦合达到体系总能量的降低 这不就是咱们领域认为的分子相互作用的本质嘛

实验化学的概念往往是粗糙的、诡异的、不可信的、科学上有很大漏洞的
咱们领域的概念往往是严格的、自洽的、数学的、科学上严密的

[ Last edited by yjcmwgk on 2011-4-4 at 17:00 ]
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20楼2011-04-04 16:54:28
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2011-04-04 16:49:22:
怎么可能呢？求别人做的文献，要求提供期刊名、卷期号和页码
话说b3lyp做长程作用根本不行，您这都接近4个埃了，肯定不可能用b3lyp算好的
如果您非要用dft来做 要么加grimme的d校正，要么加cam校正，要么加 ...

J. Phys. Chem. A 2008, 112, 2206 2210


文献上说是面对面的π-π堆积，不过我每次优化得到的不正确的构型几乎是同一种，就是dcn的氢原子总是靠近tpp的N,查过资料，似乎这也是属于面对边的π-π堆积。不过关于氢键作用的那个，是我自己猜的。
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21楼2011-04-04 18:55:26
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
最近加了溶剂后，优化得到了一个构型，想问一下，怎么确定构型是不是对的呢？做了一个TD，有些相差，吸收大概有13nm的差距，不知道，这样的构型能用不？
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22楼2011-04-14 10:57:57
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happy111839

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2011-04-04 16:50:37:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2456809
这个我解释过

你好，我还是不太懂，我优化出来的两个中性分子距离比较远，只是通过氢键相互作用（我做的体系是一个仲胺夺取叔丁基过氧化氢中的氢生成胺正离子跟叔丁基过氧阴离子，优化这两个离子时老是生成原来的仲胺和叔丁基过氧化氢，该怎么办？
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23楼2011-04-18 21:08:18
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-03-26 21:31:38:
以前求助过，就是优化一个聚集体时，始终得不到正确的构型。要求就是两个分子之间的距离必须是3.9，有为高手指点过，加虚原子调试距离，然后固定优化。但是固定距离优化后，其相对位置就改变了。再多加些虚原子， ...

我也想逐步改变两分子间距离进行势能面扫描，但是不知道怎么调距离
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24楼2011-07-14 20:06:38
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小红豆(金币+3): 谢谢建议 2011-07-15 19:34:11
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2011-04-04 16:49:22:
怎么可能呢？求别人做的文献，要求提供期刊名、卷期号和页码
话说b3lyp做长程作用根本不行，您这都接近4个埃了，肯定不可能用b3lyp算好的
如果您非要用dft来做 要么加grimme的d校正，要么加cam校正，要么加 ...

我倒是觉得，这个跟楼主要做的目的有关。
如果是按照楼主说的，是要算一下电子迁移速率的话，那么，这是个晶体结构，不存在溶剂化的问题。
晶体结构是实验测得的，这个应该还是可信的。但是我们计算的时候，是要考虑方法和基组的，是要能达到自洽以后才能得出合理的波函数的，所以适当的优化（我认为应该是分别优化好，然后直接按照晶体结构的方位摆好）是可以和必要的。然后作为一个整体，使用td或者cis求算激发态的跃迁偶极，进一步得到这两个片段之间的电子耦合项值，再进一步根据马库斯公式求算出电子迁移率（或者空穴迁移率），在一定程度上是可以跟实验所测相对比的——当然，前提是你计算的这个是光电材料的体系。
不知道我说的是否可靠，如果有这方面计算经验的，请不吝指教。我最近也挺头疼这类计算的。
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25楼2011-07-14 21:10:48
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
★ ★
小红豆(金币+2): 谢谢建议 2011-07-15 19:34:22
引用回帖:
Originally posted by 天下枫叶 at 2011-07-14 20:06:38:
我也想逐步改变两分子间距离进行势能面扫描，但是不知道怎么调距离

可以对两个分子分别加虚原子（虚原子要加在分子的中心）调距离，再扫描这个距离就好。
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26楼2011-07-15 08:49:17
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-07-15 08:49:17:
可以对两个分子分别加虚原子（虚原子要加在分子的中心）调距离，再扫描这个距离就好。

但是问题是我加虚原子时，调距离时，虚原子跑出分子外面来了，另外一个分子没有中心，问一下，虚原子可不可以设定在分子中某个特定原子上啊，能固定不
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27楼2011-07-15 12:03:17
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简单回复
游子89213楼
2011-03-28 08:50   回复  
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
维维Vivi5楼
2011-03-28 10:20   回复  
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
donkey19878楼
2011-03-28 18:43   回复  
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gmy199011楼
2011-03-29 18:14   回复  
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