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【求助】优化：怎样找到一个两个分子之间的相对位置
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以前求助过，就是优化一个聚集体时，始终得不到正确的构型。要求就是两个分子之间的距离必须是3.9，有为高手指点过，加虚原子调试距离，然后固定优化。但是固定距离优化后，其相对位置就改变了。再多加些虚原子，固定相对位置，还是没有得到正确的构型。都是正常结束。请各位高手帮忙分析一下是什么原因，应该要怎么做。像这种聚集体会不会有专门调距离的方法呢？试着找过，但是没有找到 |
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请问您如何确定“氢键作用力”还是“π-π堆积作用”呢？是AIM分析的还是通过距离猜的？都是波函数的交叠而已，两者能有多大区别啊。楼主这个体系必然是氢键作用+范德华作用同时存在的。事实上楼主您不必非要硬去靠近实验化学那些粗糙而且违背科学道理的概念，您只要用轨道耦合（至少在您这种KS方程+波普尔基组的条件下）解释清楚两个分子之间的相互作用 就完事了 通过轨道耦合达到体系总能量的降低 这不就是咱们领域认为的分子相互作用的本质嘛 实验化学的概念往往是粗糙的、诡异的、不可信的、科学上有很大漏洞的 咱们领域的概念往往是严格的、自洽的、数学的、科学上严密的 [ Last edited by yjcmwgk on 2011-4-4 at 17:00 ] |
20楼2011-04-04 16:54:28
★ ★ ★ ★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+3): 2011-03-28 09:47:55
daiyulan85(金币+5): 2011-03-28 11:08:42
375642546: 2011-04-18 23:08:24
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+3): 2011-03-28 09:47:55
daiyulan85(金币+5): 2011-03-28 11:08:42
375642546: 2011-04-18 23:08:24
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楼主你的计算有几个问题 3.9的距离已经是中程/长程作用力了，我不认为计算得到的优化构型有很好的物理意义 楼主是不是要用计算结果和实验数据比较？3.9是不是从晶体结构数据来的？这便是第二个问题计算的结果是真空气相单分子的，简单的优化是无法模拟出晶体结构的 既然已经知道分子的结构了，就不要优化了，调整好分子间距离做一个能量计算，至少还能提供一点点有用的信息 |
4楼2011-03-28 09:07:55
6楼2011-03-28 11:08:23
7楼2011-03-28 18:28:03