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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】优化：怎样找到一个两个分子之间的相对位置
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daiyulan85

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】优化：怎样找到一个两个分子之间的相对位置

以前求助过，就是优化一个聚集体时，始终得不到正确的构型。要求就是两个分子之间的距离必须是3.9，有为高手指点过，加虚原子调试距离，然后固定优化。但是固定距离优化后，其相对位置就改变了。再多加些虚原子，固定相对位置，还是没有得到正确的构型。都是正常结束。请各位高手帮忙分析一下是什么原因，应该要怎么做。像这种聚集体会不会有专门调距离的方法呢？试着找过，但是没有找到
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1楼 2011-03-26 21:31:38
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yongma2008

木虫 (著名写手)
daiyulan85(金币+3): 2011-03-30 09:08:47
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-03-28 13:05:40:
现在还只是简单的opt,用的是b3lyp/6-31g

这个距离，b3lyp能行么？个人观点基组也不够大

[ Last edited by yongma2008 on 2011-3-29 at 12:52 ]
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12楼2011-03-29 19:50:16
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mchen10

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+3): 2011-03-28 09:47:55
daiyulan85(金币+5): 2011-03-28 11:08:42
375642546: 2011-04-18 23:08:24
楼主你的计算有几个问题

3.9的距离已经是中程/长程作用力了，我不认为计算得到的优化构型有很好的物理意义

楼主是不是要用计算结果和实验数据比较？3.9是不是从晶体结构数据来的？这便是第二个问题计算的结果是真空气相单分子的，简单的优化是无法模拟出晶体结构的

既然已经知道分子的结构了，就不要优化了，调整好分子间距离做一个能量计算，至少还能提供一点点有用的信息
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4楼2011-03-28 09:07:55
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2011-03-28 09:07:55:
楼主你的计算有几个问题

3.9的距离已经是中程/长程作用力了，我不认为计算得到的优化构型有很好的物理意义

楼主是不是要用计算结果和实验数据比较？3.9是不是从晶体结构数据来的？这便是第二个问题计算的结 ...

3.9是一个实验数据，是别人做出来的，也试着找过是不是有晶体数据。我是想通过做这个分子的荧光来看分子之间的电子转移机理的。
再一个，你说的真空气相问题，是不是要加上溶剂？
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6楼2011-03-28 11:08:23
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erinic

新虫 (正式写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
这个问题有待我进一步研究
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7楼2011-03-28 18:28:03
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