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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】优化：怎样找到一个两个分子之间的相对位置
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daiyulan85

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】优化：怎样找到一个两个分子之间的相对位置

以前求助过，就是优化一个聚集体时，始终得不到正确的构型。要求就是两个分子之间的距离必须是3.9，有为高手指点过，加虚原子调试距离，然后固定优化。但是固定距离优化后，其相对位置就改变了。再多加些虚原子，固定相对位置，还是没有得到正确的构型。都是正常结束。请各位高手帮忙分析一下是什么原因，应该要怎么做。像这种聚集体会不会有专门调距离的方法呢？试着找过，但是没有找到
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1楼 2011-03-26 21:31:38
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2011-04-04 16:49:22:
怎么可能呢？求别人做的文献，要求提供期刊名、卷期号和页码
话说b3lyp做长程作用根本不行，您这都接近4个埃了，肯定不可能用b3lyp算好的
如果您非要用dft来做 要么加grimme的d校正，要么加cam校正，要么加 ...

J. Phys. Chem. A 2008, 112, 2206 2210


文献上说是面对面的π-π堆积，不过我每次优化得到的不正确的构型几乎是同一种，就是dcn的氢原子总是靠近tpp的N,查过资料，似乎这也是属于面对边的π-π堆积。不过关于氢键作用的那个，是我自己猜的。
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21楼2011-04-04 18:55:26
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mchen10

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+3): 2011-03-28 09:47:55
daiyulan85(金币+5): 2011-03-28 11:08:42
375642546: 2011-04-18 23:08:24
楼主你的计算有几个问题

3.9的距离已经是中程/长程作用力了，我不认为计算得到的优化构型有很好的物理意义

楼主是不是要用计算结果和实验数据比较？3.9是不是从晶体结构数据来的？这便是第二个问题计算的结果是真空气相单分子的，简单的优化是无法模拟出晶体结构的

既然已经知道分子的结构了，就不要优化了，调整好分子间距离做一个能量计算，至少还能提供一点点有用的信息
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4楼2011-03-28 09:07:55
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2011-03-28 09:07:55:
楼主你的计算有几个问题

3.9的距离已经是中程/长程作用力了，我不认为计算得到的优化构型有很好的物理意义

楼主是不是要用计算结果和实验数据比较？3.9是不是从晶体结构数据来的？这便是第二个问题计算的结 ...

3.9是一个实验数据，是别人做出来的，也试着找过是不是有晶体数据。我是想通过做这个分子的荧光来看分子之间的电子转移机理的。
再一个，你说的真空气相问题，是不是要加上溶剂？
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6楼2011-03-28 11:08:23
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erinic

新虫 (正式写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
这个问题有待我进一步研究
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7楼2011-03-28 18:28:03
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