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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】双链蛋白和小分子对接后呢，能做MD模拟吗？
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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】双链蛋白和小分子对接后呢，能做MD模拟吗？ 已有3人参与

以前把对接后的蛋白和配体进行md模拟，都可以很好的完成，当然，这里的蛋白是单链的，

现在我有双链蛋白（A B 链）和小分子配体进行了对接，接下来，我想对这个双链蛋白和小分子的对接复合体进行md模拟，可以吗？ 还是蛋白只能用一个链？

谢谢，新手多谢帮忙！
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1楼 2011-03-25 08:50:13
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bbslover

金虫 (正式写手)
好的，这两条链都有作用，我要用双链了！
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4楼2011-03-26 21:20:02
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-27 09:15:12
本帖内容被屏蔽
2楼2011-03-25 16:13:56
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xd200620940

铜虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-27 09:15:23
楼上正解。
单链\双链均可以MD，不存在技术问题
问题是你的研究目的是什么

比如：
      小分子结合后，双链相互作用的变化，则必须用双链
      再者研究结合前后蛋白的构象变化，若双链彼此不同，用双链
      相同的话，就如楼上所述
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-03-25 23:36:04
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