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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】双链蛋白和小分子对接后呢,能做MD模拟吗? 已有3人参与

以前把对接后的蛋白和配体进行md模拟,都可以很好的完成,当然,这里的蛋白是单链的,

现在我有双链蛋白(A B 链)和小分子配体进行了对接,接下来,我想对这个双链蛋白和小分子的对接复合体进行md模拟,可以吗? 还是蛋白只能用一个链?

谢谢,新手多谢帮忙!
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ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-27 09:15:12
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2楼2011-03-25 16:13:56
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xd200620940

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-27 09:15:23
楼上正解。
单链\双链均可以MD,不存在技术问题
问题是你的研究目的是什么

比如:
      小分子结合后,双链相互作用的变化,则必须用双链
      再者研究结合前后蛋白的构象变化,若双链彼此不同,用双链
      相同的话,就如楼上所述
3楼2011-03-25 23:36:04
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bbslover

金虫 (正式写手)

好的,这两条链都有作用,我要用双链了!
4楼2011-03-26 21:20:02
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