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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【其他】学习bader的交流
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ddang100

银虫 (小有名气)

[交流] 【其他】学习bader的交流

今天看到一篇文献，用bader charge analysis 分析原子的电荷，想学一下，就在站内搜了不少帖子也在bader网站上仔细的学习了一下。基本能够操作。下面有些思考，有经验的请给指点：
1.首先确认运用bader是否正确，我是直接在静态计算的目录下运行bader，提取CHGCAR得到的，ACF.dat等文件。是否正确？（没有先设置LAECHG=.TRUE.，得到AECCAR0，AECCAR2，然后运行bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum)如果设置LAECHG=.TRUE.是不是在静态计算的时候设置？？；这两种方法得到的差别大吗？
2.我们本来也可以从静态计算得到的OUTCAR里面找到每个原子的带电量，在OUTCAR，为什么不用这个带电量呢？我的理解是OUTCAR 中得到的原子电量是在 wigner-seitz radius内的电量，可能不准确？不知道理解的是否正确。另外我从OUTCAR中得到的电量和用bader得到的电量差0.02e,不大？（只比较了一个原子）
3.我用bader得到的电荷转移来分析从OUTCAR 中得到的磁矩合理吗？OUTCAR 中得到的磁矩不是也是wigner-seitz radius内的吗？
请讨论,指教！！

[ Last edited by ddang100 on 2011-3-17 at 22:08 ]
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1楼 2011-03-17 20:50:54
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ddang100

银虫 (小有名气)
怎么没有人支持一下
我认为设置LAECHG=.TRUE.得到AECCAR0，AECCAR2应该是在静态计算的时候做，因为我们是想得到电荷密度，大家认为呢，我看到前面有帖子说是在非自洽的情况，我认为不合适
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2楼2011-03-18 08:52:58
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
ddang100(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢讨论 2011-03-18 10:18:16
ddang100(金币+1): 2011-03-21 20:13:01
就是静态计算。
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3楼2011-03-18 08:58:26
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ddang100

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-18 08:58:26:
就是静态计算。

继续请教：在http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/bader/中给的NaCl的例子有两种：1.crystal (vasp chgcar) 2.crystal including core charges (vasp chgcar)
分别是什么意思？ 我按照bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum的到的结果和第二种crystal including core charges (vasp chgcar)
一致。这两种得到的总的电子数也是不同的，第二种得到是32是不是就是最外层价电子数？第一种呢？是不是包括了Na的此外层电子？
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4楼2011-03-22 19:29:10
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
ddang100(金币+1): 2011-03-22 19:49:54
ellsaking(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-03-22 20:10:51
ellsaking(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-03-22 20:10:52
忘记了，呵呵。得到的电子是赝势文件中列出的每个原子的外层电子数之和。
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5楼2011-03-22 19:31:14
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bird007

荣誉版主 (职业作家)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《VASP》
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6楼2011-08-31 07:28:07
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韩D小希

铁虫 (正式写手)
★
ddang100(金币+1):谢谢参与
贺仪(金币+1): 谢谢参与讨论 2012-02-22 10:38:32
引用回帖:
1楼: Originally posted by ddang100 at 2011-03-17 20:50:54:
今天看到一篇文献，用bader charge analysis 分析原子的电荷，想学一下，就在站内搜了不少帖子也在bader网站上仔细的学习了一下。基本能够操作。下面有些思考，有经验的请给指点：
1.首先确认运用bader是否正确 ...

您好 我刚刚开始学习bader analysis ，也在网上找了些教程，有个问题是如何设置INCAR中的NG(X,Y,Z) F 呢 我找的原话是“计算电荷布局分析时，需要比较密的FFT 网格，可以通过NG(X,Y,Z) F来调整，增大这些量，知道总的电荷数目正确”
麻烦您帮理解一下 可以么  谢谢
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7楼2012-02-21 15:18:26
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solocheng

荣誉版主 (文坛精英)
★
ddang100(金币+1):谢谢参与
谢谢，学习了～～
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8楼2012-02-21 18:52:57
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maomao107

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
麻烦我想问一下楼主，如果不用bader，怎样从outcar里面直接看电荷转移啊,好像是有种M开头的方法，是什么啊
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9楼2017-03-31 08:53:08
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
关于bader的详情可以参考
http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
Henkelman G., Arnaldsson A. and Jònsson H. A fast and robust algorithm for Bader decomposition of charge density. Comput. Mater. Sci. 2006, 36, 354-360.

1.首先确认运用bader是否正确，我是直接在静态计算的目录下运行bader，提取CHGCAR得到的，ACF.dat等文件。是否正确？（没有先设置LAECHG=.TRUE.，得到AECCAR0，AECCAR2，然后运行bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum)如果设置LAECHG=.TRUE.是不是在静态计算的时候设置？？；这两种方法得到的差别大吗？
>>>直接在静态计算的INCAR中设置即可

2.我们本来也可以从静态计算得到的OUTCAR里面找到每个原子的带电量，在OUTCAR，为什么不用这个带电量呢？我的理解是OUTCAR 中得到的原子电量是在 wigner-seitz radius内的电量，可能不准确？不知道理解的是否正确。另外我从OUTCAR中得到的电量和用bader得到的电量差0.02e,不大？（只比较了一个原子）
>>>>因为直接读取的只有价电子。bader的好处是考虑了芯电子。我有比较过直接读取以及读取bader，差别很大

3.我用bader得到的电荷转移来分析从OUTCAR 中得到的磁矩合理吗？OUTCAR 中得到的磁矩不是也是wigner-seitz radius内的吗？
>>>不懂，请交流
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10楼2017-03-31 15:08:03
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