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[交流]
【其他】学习bader的交流
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今天看到一篇文献，用bader charge analysis 分析原子的电荷，想学一下，就在站内搜了不少帖子也在bader网站上仔细的学习了一下。基本能够操作。下面有些思考，有经验的请给指点： 1.首先确认运用bader是否正确，我是直接在静态计算的目录下运行bader，提取CHGCAR得到的，ACF.dat等文件。是否正确？（没有先设置LAECHG=.TRUE.，得到AECCAR0，AECCAR2，然后运行bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum)如果设置LAECHG=.TRUE.是不是在静态计算的时候设置？？；这两种方法得到的差别大吗？ 2.我们本来也可以从静态计算得到的OUTCAR里面找到每个原子的带电量，在OUTCAR，为什么不用这个带电量呢？我的理解是OUTCAR 中得到的原子电量是在 wigner-seitz radius内的电量，可能不准确？不知道理解的是否正确。另外我从OUTCAR中得到的电量和用bader得到的电量差0.02e,不大？（只比较了一个原子） 3.我用bader得到的电荷转移来分析从OUTCAR 中得到的磁矩合理吗？OUTCAR 中得到的磁矩不是也是wigner-seitz radius内的吗？ 请讨论,指教！！ [ Last edited by ddang100 on 2011-3-17 at 22:08 ] |
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 VASP and MS | 他山之玉 | siesta & vasp | BaderChargeAnalysis |
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2楼2011-03-18 08:52:58
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ddang100(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢讨论 2011-03-18 10:18:16
ddang100(金币+1): 2011-03-21 20:13:01
ddang100(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢讨论 2011-03-18 10:18:16
ddang100(金币+1): 2011-03-21 20:13:01
| 就是静态计算。 |
3楼2011-03-18 08:58:26
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继续请教：在http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/bader/中给的NaCl的例子有两种：1.crystal (vasp chgcar) 2.crystal including core charges (vasp chgcar) 分别是什么意思？ 我按照bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum的到的结果和第二种crystal including core charges (vasp chgcar) 一致。这两种得到的总的电子数也是不同的，第二种得到是32是不是就是最外层价电子数？第一种呢？是不是包括了Na的此外层电子？ |
4楼2011-03-22 19:29:10
5楼2011-03-22 19:31:14
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9楼2017-03-31 08:53:08
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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关于bader的详情可以参考 http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/ Henkelman G., Arnaldsson A. and Jònsson H. A fast and robust algorithm for Bader decomposition of charge density. Comput. Mater. Sci. 2006, 36, 354-360. 1.首先确认运用bader是否正确，我是直接在静态计算的目录下运行bader，提取CHGCAR得到的，ACF.dat等文件。是否正确？（没有先设置LAECHG=.TRUE.，得到AECCAR0，AECCAR2，然后运行bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum)如果设置LAECHG=.TRUE.是不是在静态计算的时候设置？？；这两种方法得到的差别大吗？ >>>直接在静态计算的INCAR中设置即可 2.我们本来也可以从静态计算得到的OUTCAR里面找到每个原子的带电量，在OUTCAR，为什么不用这个带电量呢？我的理解是OUTCAR 中得到的原子电量是在 wigner-seitz radius内的电量，可能不准确？不知道理解的是否正确。另外我从OUTCAR中得到的电量和用bader得到的电量差0.02e,不大？（只比较了一个原子） >>>>因为直接读取的只有价电子。bader的好处是考虑了芯电子。我有比较过直接读取以及读取bader，差别很大 3.我用bader得到的电荷转移来分析从OUTCAR 中得到的磁矩合理吗？OUTCAR 中得到的磁矩不是也是wigner-seitz radius内的吗？ >>>不懂，请交流 |
10楼2017-03-31 15:08:03