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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 热点前沿问题讨论 » 【求助】过渡态没有势垒的情况
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bingmou

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】过渡态没有势垒的情况

初始态和终态都已经经过弛豫计算，但是计算过渡态的时候发现没有势垒，这时候应该怎么处理？是认为原来的一个态不稳定呢还是重新计算呢？

我用的VASP，CNEB的代码
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1楼 2011-02-28 22:38:11
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢参与讨论 2011-03-01 08:32:17
bingmou(金币+1): 2011-03-01 10:14:48
bingmou:编辑内容 2011-03-01 10:16
并不是所有“反应”都有能垒的。个人觉得没有能垒的情况直接用NEB就好了，用Cl-NEB可能不收敛。

如果没有势垒，那岂不是初始态或者终态有一个是不稳定的，特别是两个本来就有能量差的时候。
我用的都是CI-NEB,幸运的是都收敛的

[ Last edited by bingmou on 2011-3-1 at 10:16 ]
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2楼2011-02-28 23:14:24
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stractor

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢讨论 2011-03-01 08:32:25
bingmou(金币+1): 2011-03-01 10:16:22
有些反应路径确实没有能磊的。
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3楼2011-03-01 07:30:31
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bingmou

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by stractor at 2011-03-01 07:30:31:
有些反应路径确实没有能磊的。

那就是说原来那个是不稳定的，那么VASP在弛豫的时候为什么没有回去呢？
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4楼2011-03-01 10:16:49
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
这个有意思。呵呵
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5楼2011-03-01 11:06:15
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bingmou

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-01 11:06:15:
这个有意思。呵呵

你是怎么处理这种情况的呢？
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6楼2011-03-01 11:17:45
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
ellsaking(金币+3): 谢谢说明 2011-03-01 13:52:29
bingmou(金币+1): 2011-03-01 14:49:56
有两种情况：
（1）比如化学吸附，这个是自然发生的事情。气相分子到固体表面的吸附，很可能就没有能垒。计算这个过程，往往只是需要确认一下，看是不是真的没有能垒。
（2）能垒很小或者不明显的情况。如果没有做分子动力学而直接结构优化，可能错过了全局能量最小点。这个是计算程序失败的情况造成的，初始构象没有找好。
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7楼2011-03-01 13:40:54
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bingmou

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-01 13:40:54:
有两种情况：
（1）比如化学吸附，这个是自然发生的事情。气相分子到固体表面的吸附，很可能就没有能垒。计算这个过程，往往只是需要确认一下，看是不是真的没有能垒。
（2）能垒很小或者不明显的情况。如果没有 ...

我这一个是体材料的缺陷的migration,所以不可能是第一中情况。而第二情况，有可能是我的初始结构没有着好。但是VASP如果弛豫结束，那么应该表明现在的状态至少是一个局部最小点，那么不论原子朝哪一个方向都应该是有势垒的啊……
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8楼2011-03-01 14:53:17
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chem_shilly

银虫 (正式写手)
bingmou(金币+1): 2011-03-01 14:58:18
你应该重新设定一下，在计算几次。很少没有势垒的。
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9楼2011-03-01 14:57:08
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bingmou

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by chem_shilly at 2011-03-01 14:57:08:
你应该重新设定一下，在计算几次。很少没有势垒的。

嗯，我会的，我只是想知道为什么会出现这种情况，这样我修改参数可以有针对性的改动
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10楼2011-03-01 14:59:15
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chem_shilly

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2011-03-01 14:59:15:
嗯，我会的，我只是想知道为什么会出现这种情况，这样我修改参数可以有针对性的改动

对称性好一点，原子间的阻力小一点等，具体的每一个分子就不好说了。
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11楼2011-03-01 15:08:23
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bingmou

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by chem_shilly at 2011-03-01 15:08:23:
对称性好一点，原子间的阻力小一点等，具体的每一个分子就不好说了。

我的体系是晶体结构，估计不能对对称性有太高的要求，原子间的阻力怎么调节呢？
估计我还得仔细看看CI-NEB和VASP的NEB的方法
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12楼2011-03-01 15:14:05
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chem_shilly

银虫 (正式写手)
bingmou(金币+1): 2011-03-01 17:27:31
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2011-03-01 15:14:05:
我的体系是晶体结构，估计不能对对称性有太高的要求，原子间的阻力怎么调节呢？
估计我还得仔细看看CI-NEB和VASP的NEB的方法

我对晶体研究不深，你还是请教别人吧！
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13楼2011-03-01 15:30:23
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davidfrela

至尊木虫 (文坛精英)
不太懂，帮顶
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14楼2011-03-01 15:51:46
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jiangxue82

木虫 (著名写手)
帮顶
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15楼2011-03-01 16:09:29
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lishufei

金虫 (正式写手)
同求中
做mg的参杂解离氢气分子时出现了同样的问题
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16楼2011-03-04 16:54:35
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-01 13:40:54:
有两种情况：
（1）比如化学吸附，这个是自然发生的事情。气相分子到固体表面的吸附，很可能就没有能垒。计算这个过程，往往只是需要确认一下，看是不是真的没有能垒。
（2）能垒很小或者不明显的情况。如果没有 ...

这个分子动力学找到一个比较合理的初始结构，一般用什么软件呢
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17楼2011-03-04 18:47:34
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bingmou

金虫 (著名写手)
这个我觉得就很难了，第一性分子动力学态耗时间了
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18楼2011-03-04 18:51:36
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢提示 2011-03-15 08:34:49
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2011-03-04 18:47:34:
这个分子动力学找到一个比较合理的初始结构，一般用什么软件呢

vasp就可以。但是可以偷偷用用dmol。呵呵。或者adsorption locator。但是力场可能不全，特别是对slab结构。
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19楼2011-03-14 22:32:31
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franch

版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-01 13:40:54:
有两种情况：
（1）比如化学吸附，这个是自然发生的事情。气相分子到固体表面的吸附，很可能就没有能垒。计算这个过程，往往只是需要确认一下，看是不是真的没有能垒。
（2）能垒很小或者不明显的情况。如果没有 ...

哪些情况要先做分子动力学？
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20楼2011-04-06 20:57:44
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by franch at 2011-04-06 20:57:44:
哪些情况要先做分子动力学？

实际上这个，很难。我自己尝试过，没有作出什么东西来。
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21楼2011-04-06 21:00:57
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franch

版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-04-06 21:00:57:
实际上这个，很难。我自己尝试过，没有作出什么东西来。

不懂的东西还是很多啊，，，，sighing......
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22楼2011-04-07 10:44:45
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wujing110

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
23楼2011-09-27 10:28:20
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
23楼: Originally posted by wujing110 at 2011-09-27 10:28:20:
请问下，我刚刚开始做NEB
做了有4个 images，00-05文件夹，只有01-04里面的东西很多
00,05里面只有POSCAR
收敛了
处理数据的时候提示00文件夹里面没有OUTCAR
请各位高手指点下我这只小菜

00 05里面的要单独计算scf，就会得到OUTCAR.

NEB收敛后，建议再对每一个image计算一次scf.

NEB计算的时候一般是一个K点。scf计算总能的时候，可以加密k点。00-05的scf总能计算统一KPOINTS和INCAR.
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24楼2011-09-27 11:37:22
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wujing110

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
25楼2011-09-27 11:57:38
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
25楼: Originally posted by wujing110 at 2011-09-27 11:57:38:
谢谢前辈
那我想问下NEB收敛后，建议再对每一个image计算一次scf.
计算一次scf是分别在01,02,03,04文件夹下面进行么？那原先01,02,03,04文件夹里面有OUTCAR之类的一些文件怎么办？

原来的存档就好。后面的用来整理数据发论文。
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26楼2011-09-27 12:33:57
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我现在也碰到没有能垒的情况。不知道怎么解释。

看是否需要做修正呢？

需要考虑修正的情况我可以列举以下几条：

（1）NEB计算是Gamma点的，真要计算能垒的时候，需要考虑加密K点，与端点scf计算K设置一样；
（2）零点能修正，但是这个对过渡态（如果有）有降低能垒效果；
（3）偶极修正，如果slab或者其它结构不对称。
（4）色散力修正。这个对slab表面吸附小分子不同覆盖度下的吸附能可能影响较大。
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27楼2011-09-27 19:12:17
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bingmou

金虫 (著名写手)
很有可能是因为计算精度导致的，有可能是势垒很小。可以试试只偏离一点点NEB，看看能量是否升高
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28楼2011-09-28 12:53:15
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bjmaowei25

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1319501楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-09-27 11:37:22:
00 05里面的要单独计算scf，就会得到OUTCAR.

NEB收敛后，建议再对每一个image计算一次scf.

NEB计算的时候一般是一个K点。scf计算总能的时候，可以加密k点。00-05的scf总能计算统一KPOINTS和INCAR.

版主 ,想请教你一下。
在开始定 初态和终态的坐标，或 POSCAR 时，
POSCAR 是结构优化(relax)后的结果呢还是静态计算
(scf)后的结果呢?

先谢谢了！
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29楼2012-04-19 02:04:57
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
WDD880227: 金币+1, 感谢回帖帮助 2012-04-19 09:00:39
初态应该是基态。

或者其他某种意义明确的状态。（比图把分子放置在离表面一段距离的地方作为吸附起始点~）
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30楼2012-04-19 06:55:39
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
24楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-09-27 11:37:22
00 05里面的要单独计算scf，就会得到OUTCAR.

NEB收敛后，建议再对每一个image计算一次scf.

NEB计算的时候一般是一个K点。scf计算总能的时候，可以加密k点。00-05的scf总能计算统一KPOINTS和INCAR....

社长你好，请问在插点的过程中，如果你感觉在02-03之间可能，要继续在02-03之间插点，但是你要设定边界时，是按原来的POSCAR的位置，还是按OUTCAR的位置？
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31楼2014-02-18 15:19:10
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