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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求助】vasp计算速度问题----相同CPU
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yxcai

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 求助】vasp计算速度问题----相同CPU 已有8人参与

在我自己服务器上的每一电子步时间如下：

   POTLOK:  VPU time   10.08: CPU time   58.46
    SETDIJ:  VPU time    5.17: CPU time   33.22
    EDDIAG:  VPU time   63.87: CPU time   74.08
  RMM-DIIS:  VPU time  101.21: CPU time  107.23
    ORTHCH:  VPU time   19.62: CPU time   19.45
    DOS   :  VPU time    0.00: CPU time    0.00
    CHARGE:  VPU time   32.30: CPU time   31.97
    MIXING:  VPU time    0.24: CPU time    0.24
    ------------------------------------------
      LOOP:  VPU time  232.98: CPU time  325.22


在别人集群上的每一电子步时间如下：
   POTLOK:  VPU time    1.79: CPU time    1.79
   SETDIJ:  VPU time    0.95: CPU time    0.96
   EDDIAG:  VPU time   24.09: CPU time   24.11
  RMM-DIIS:  VPU time   28.17: CPU time   28.20
   ORTHCH:  VPU time    4.98: CPU time    4.98
    DOS   :  VPU time    0.00: CPU time    0.00
    CHARGE:  VPU time    7.95: CPU time    7.95
    MIXING:  VPU time    0.10: CPU time    0.10
    ------------------------------------------
     LOOP:  VPU time   68.04: CPU time   68.09


CPU都是至强5520， 都是2U 8核，内存都是16G，体系150个原子左右，为什么我的时间这么长？速度差至少一倍。
尤其是：
   EDDIAG:  VPU time   63.87: CPU time   74.08
  RMM-DIIS:  VPU time  101.21: CPU time  107.23

都用的是intel数学库。计算速度到底由什么决定的？为何差异如此巨大？

[ Last edited by yxcai on 2011-2-23 at 20:47 ]
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1楼 2011-02-23 20:40:32
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
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youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-02-24 09:18:48
编译器都一样嘛，编译也都一样？
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2011-02-23 21:24:41
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yxcai

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2011-02-23 21:24:41:
编译器都一样嘛，编译也都一样？

都是intel的编译器
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3楼2011-02-24 11:08:48
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-02-24 12:00:56
数学库一样吗？
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4楼2011-02-24 11:11:28
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
youzhizhe: 谢谢参与。 2011-02-24 12:01:12
引用回帖:
Originally posted by yxcai at 2011-02-24 11:08:48:
都是intel的编译器

这就奇怪了，不太明白
赞一下(1人) 回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
5楼2011-02-24 11:44:25
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yxcai

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2011-02-24 11:44:25:
这就奇怪了，不太明白

下面是集群上使用的MKL和编译器

source /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/mpi-rt/3.2.1/bin64/mpivars.sh
source /opt/intel/mkl/10.1.2.024/tools/environment/mklvarsem64t.sh
export I_MPI_DEVICE=ssm



我的电脑上也是，而且我使用过MPICH也换过OPENMPI，影响很小。
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6楼2011-02-24 11:56:33
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
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zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-02-24 14:12:13
试下这个 export OMP_NUM_THREADS=1
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7楼2011-02-24 12:13:46
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yxcai

铁杆木虫 (著名写手)
★
youzhizhe: 谢谢指导。 2011-02-24 19:54:03
zzy870720z(金币+1): 谢谢总结，设个网络回环试试，小木虫上有，搜一下 2011-02-24 21:49:04
引用回帖:
Originally posted by 锐利的碎片 at 2011-02-24 12:13:46:
试下这个 export OMP_NUM_THREADS=1

基本上找出原因了，是因为MPI的问题，现在换成Intel MPI 后，速度大幅度提升，感觉应该提升100%。

但Intel MPI 是收费的，适用时间只有30天，不过先使用着，毕竟节省一倍时间。


另外一个问题，由于使用RHEL6.0， 计算时必须将网线连接上，不知道大家有没有解决办法。Intel MPI和MPICH都要连接网线，OpenMPI则不需要。
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8楼2011-02-24 18:05:39
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pro_junjie

禁虫 (正式写手)
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youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-02-24 19:53:34
本帖内容被屏蔽
9楼2011-02-24 19:00:44
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
★ ★ ★
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youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-02-24 19:53:47
export OMP_NUM_THREADS=1最好加上，intel为了跑分默认开了数学库的并行，这个对vasp的并行影响很大，intel的mpi肯定是考虑过这一块的。另外intel的mpi有免费版的，只能执行程序，不能编译。
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10楼2011-02-24 19:36:51
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