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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】MOE中作MD模拟，如何获得rmsd轨迹图
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MOE中作MD模拟，如何获得rmsd轨迹图

我使用MOE2008作蛋白模型的动力学优化，但只能得到能量变化曲线，请问哪位高手能有生成rmsd优化曲线的方法，谢谢！
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娜娜sunny

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1楼 2011-02-10 11:35:13
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lin_lin_lin

新虫 (初入文坛)
★
wavingsea9911(金币+1): 谢谢参与
需要用脚本来计算！哈哈~我有你还需要吗？
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wavingsea9911
6楼2012-05-02 18:45:34
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普通回帖

clwlmxr4

铜虫 (小有名气)
★
wavingsea9911(金币+1):谢谢参与
沙发，祝LZ得到正解！
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2楼2011-02-10 11:52:02
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
wavingsea9911(金币+1):谢谢参与
rmsd优化曲线？你指的是产生一个表？
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3楼2011-02-11 09:08:28
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★ ★
wavingsea9911(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-02-18 22:58:28
这个也许可以哦~
http://svl.chemcomp.com/filedetails.php?lid=249&cid=37
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5楼2011-02-18 17:29:24
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
1608289楼: Originally posted by lin_lin_lin at 2012-05-02 18:45:34:
需要用脚本来计算！哈哈~我有你还需要吗？

还需要，请发我邮箱wavingsea2008@gmail.com，谢谢！
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-02 22:38:16
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娜娜sunny

新虫 (初入文坛)
★
wavingsea9911(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
引用回帖:
821824楼: Originally posted by wavingsea9911 at 2011-02-10 11:35:13
我使用MOE2008作蛋白模型的动力学优化，但只能得到能量变化曲线，请问哪位高手能有生成rmsd优化曲线的方法，谢谢！

你好，我用的也是MOE2008做蛋白质建模和对接，刚接触这个软件感觉比较悲催，眼前一片迷茫，对于分子对接更是茫然，希望给些意见及建议
赞一下 回复此楼
8楼2012-09-07 11:39:00
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)
引用回帖:
1619381楼: Originally posted by 娜娜sunny at 2012-09-07 11:39:00
你好，我用的也是MOE2008做蛋白质建模和对接，刚接触这个软件感觉比较悲催，眼前一片迷茫，对于分子对接更是茫然，希望给些意见及建议...

MOE在各类大型药物设计软件中，算是容易上手的，建模和对接也很简单，找个人带你一下基本就能上手，当然计算结果的准确性和精确性还是要靠自己慢慢摸索提高的。
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9楼2012-09-08 08:55:33
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曾玲199

新虫 (初入文坛)
★
wavingsea9911(金币+1): 谢谢参与
楼主会了吗
可不可以教教我
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12楼2018-05-17 15:48:41
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曾玲199

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lin_lin_lin at 2012-05-02 18:45:34
需要用脚本来计算！哈哈~我有你还需要吗？

可以给我一份吗
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13楼2018-06-09 14:46:27
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KZ14254楼
2011-02-13 17:58   回复  
wavingsea9911(金币+1):谢谢参与
mailinator10楼
2012-09-08 16:15   回复  
wavingsea9911(金币+1): 谢谢参与
gcworm11楼
2012-09-08 18:14   回复  
wavingsea9911(金币+1): 谢谢参与
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