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【求助】如何计算小分子或离子与一个二维结构材料之间的化学作用力如氢键、离子吸引？ 已有7人参与
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| 我在研究一个二维材料，想知道在小分子或离子作用下该材料受到什么样的影响，所以请教各位专家，能否采用计算模拟的方法能不能给出一些启示？谢谢！ |
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 实验方法技巧 | xuexijisuan |
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如果这个课题要我作，我会如此考虑： 1、取包含若干个蒙脱石类分子片，参照实验结构，建立二维材料模型，优化其结构。只是你说“材料本身具有负电荷”，这是经验概念吧？是指分子极性较强，某些原子聚集了较多的电子吧？从量化计算的角度看，材料本身还是中性的吧？ 2、将这个二维材料模型固定分子坐标不变，而加上小分子或离子，只对小分子或离子相对于二维材料进行部分优化。对这小分子或离子的初始位置要细心安排，以减少优化的过程。可能优化步骤会很长，在命令行加上关键词iop(5/13=1)，此时计算到一个默认64次循环、收敛还达不到要求时，计算会在这个优化的基础上自动进行下一轮优化，直至优化达到要求。只是你说的“阳离子”实际上是个什么形态？量化计算如何表达它要细心考虑。 3、对优化好了的小分子或离子与二维材料的总体系做较精确的计算，基组要有极化、弥撒。并求得它的电子密度ρ（记为1.cube）。再分别求小分子或离子的ρ（记为2.cube）和二维材料的ρ（记为3.cube）。最后用1.cube减去2.cube再减去3.cube，求得电子密度差Δρ（记为4.cube），将4.cube在GV中打开，就可直观地让我们看到电荷在空间的净变化了，从而可以评估这些小分子或阳离子与化合物之间的作用的性质、引起的电荷变化。 |
13楼2011-02-22 10:25:28
14楼2011-02-22 12:11:37
ggdh
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7楼2011-01-30 15:10:22
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