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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】如何计算小分子或离子与一个二维结构材料之间的化学作用力如氢键、离子吸引？
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mh266666

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2011-01-30 03:25:55:
可行
mp2或者ri-mp2
远程校正的dft，（dft-d或者lc-dft或者cam等）
但是基组要大 所以你的计算量会比较大

我没做过计算，如果进行计算，需要先学习哪些必备知识？能否给出您认为计算过程类似的参考文献？多谢了！
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11楼2011-02-22 08:59:33
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mh266666

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2011-01-30 07:10:22:
最近见过一些算石墨的，CC上挺多，你可以搜一下，不过你要是看材料有什么变化，估计不大可能。看材料变形还是要去做分子模拟。

好的，多谢！
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12楼2011-02-22 09:00:36
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zhou2009

版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

如果这个课题要我作，我会如此考虑：

1、取包含若干个蒙脱石类分子片，参照实验结构，建立二维材料模型，优化其结构。只是你说“材料本身具有负电荷”，这是经验概念吧？是指分子极性较强，某些原子聚集了较多的电子吧？从量化计算的角度看，材料本身还是中性的吧？

2、将这个二维材料模型固定分子坐标不变，而加上小分子或离子，只对小分子或离子相对于二维材料进行部分优化。对这小分子或离子的初始位置要细心安排，以减少优化的过程。可能优化步骤会很长，在命令行加上关键词iop(5/13=1)，此时计算到一个默认64次循环、收敛还达不到要求时，计算会在这个优化的基础上自动进行下一轮优化，直至优化达到要求。只是你说的“阳离子”实际上是个什么形态？量化计算如何表达它要细心考虑。

3、对优化好了的小分子或离子与二维材料的总体系做较精确的计算，基组要有极化、弥撒。并求得它的电子密度ρ（记为1.cube）。再分别求小分子或离子的ρ（记为2.cube）和二维材料的ρ（记为3.cube）。最后用1.cube减去2.cube再减去3.cube，求得电子密度差Δρ（记为4.cube），将4.cube在GV中打开，就可直观地让我们看到电荷在空间的净变化了，从而可以评估这些小分子或阳离子与化合物之间的作用的性质、引起的电荷变化。
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13楼2011-02-22 10:25:28
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mh266666

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2011-02-22 02:25:28:
如果这个课题要我作，我会如此考虑：

1、取包含若干个蒙脱石类分子片，参照实验结构，建立二维材料模型，优化其结构。只是你说“材料本身具有负电荷”，这是经验概念吧？是指分子极性较强，某些原子聚集了较多 ...

十分感谢您给我这些详细建议！我将认真学习。您提到的问题解释如下：
1.        不好意思，我说的不够清楚，材料本身不带电荷，蒙脱石的片层结构本身负电荷过剩，因为层间距较大，一些阳离子将进入层间补偿电荷，维持电荷平衡。对于整个材料包括片层框架和层间离子来说，仍然是电中性的。
2.        阳离子以水合形式存在。
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14楼2011-02-22 12:11:37
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farutong

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主找到相关方法了吗，求教
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世界如此之大，吾辈如此渺小，铁律无情，人力徒微。我所能做的是为我的理想和坚持，胸中的正义和崇高战斗到最后一刻。如果找不到属于我的幸福，就让我来守护幸福
15楼2014-10-02 21:11:52
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mh266666

木虫 (正式写手)
您有方法?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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16楼2014-10-05 20:51:21
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mh266666

木虫 (正式写手)
如果您有较好的思路，我们可以好好交流交流。到目前，我还没有有效的办法。
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17楼2014-10-06 06:39:02
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