[交流] 【求助】DLPOLY计算出来的结果，是否要编程才能分析？

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1楼 2011-01-12 15:57:55

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zyj8119(金币+10):应该怎么做呢？ 2011-01-12 19:56:11
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-13 11:43:50

vmd 自身带的分析功能可以实现

2楼2011-01-12 16:47:18

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winterz

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ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-13 11:43:57

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Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 15:57:55:
计算出来的HISTORY文件，要怎么才能得到RDF,MSD等信息？

MSD使用自带的Java GUI和msdprg.f都可以计算。
RDF只要在CONTROL文件中写入以下两行，就会生成一个RDFDAT文件，里面是各原子RDF信息。
rdf 100
print rdf

3楼2011-01-12 19:27:24

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zyj8119

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Originally posted by 043114076 at 2011-01-12 16:47:18:
vmd 自身带的分析功能可以实现

VMD应该怎么做？RDF和MSD都能分析吗？

4楼2011-01-12 19:37:32

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043114076

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Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 19:37:32:

VMD应该怎么做？RDF和MSD都能分析吗？

rdf可以做，vmd可以做rmsd。自带的有工具

5楼2011-01-12 20:26:52

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zyj8119

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Originally posted by 043114076 at 2011-01-12 20:26:52:

rdf可以做，vmd可以做rmsd。自带的有工具

但是RDF选项里面的selection 1和selection 2怎么办？

6楼2011-01-12 20:33:54

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zyj8119

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Originally posted by winterz at 2011-01-12 19:27:24:

MSD使用自带的Java GUI和msdprg.f都可以计算。
RDF只要在CONTROL文件中写入以下两行，就会生成一个RDFDAT文件，里面是各原子RDF信息。
rdf 100
print rdf

madprg.f是否是DLPOLY的源代码？还是在某处下到的源代码文件？

7楼2011-01-12 20:39:55

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winterz

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Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 20:39:55:

madprg.f是否是DLPOLY的源代码？还是在某处下到的源代码文件？

在源码包中的utility目录里有很多与DLPOLY相关的工具程序，其中msprg.f、msdblk.f、msdblk2.f都是计算MSD的程序，但是DLPOLY的手册中对这些工具的介绍很粗略，一般都需要读懂它们输入部分的源代码才能知道怎么使用。

8楼2011-01-12 20:49:34

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Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 20:33:54:

但是RDF选项里面的selection 1和selection 2怎么办？

记得好像是写原子名，你可以看一下vmd的说明书，或者自己试试

9楼2011-01-12 21:46:12

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Originally posted by winterz at 2011-01-12 20:49:34:

在源码包中的utility目录里有很多与DLPOLY相关的工具程序，其中msprg.f、msdblk.f、msdblk2.f都是计算MSD的程序，但是DLPOLY的手册中对这些工具的介绍很粗略，一般都需要读懂它们输入部分的源代码才能知道怎么 ...

貌似这些也是需要编译的，使用ifort编译，然后把得到的那个编译好的文件，放到history文件夹里面。运行那个可执行文件？

10楼2011-01-12 22:16:30

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貌似ifort编译不了这个文件啊，我输入ifort msdprg.f -o msd.exe ，貌似什么也没有。ifort是我路径都正确，用gfortran也不行，这个文件应该怎么用呢？

11楼2011-01-12 22:28:48

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zyj8119

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Originally posted by 043114076 at 2011-01-12 21:46:12:

记得好像是写原子名，你可以看一下vmd的说明书，或者自己试试

说明书写的不清楚，我先mouse->label->atoms,然后graphics->labels->貌似什么用也没有。

12楼2011-01-12 22:30:15

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Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 22:28:48:

貌似ifort编译不了这个文件啊，我输入ifort msdprg.f -o msd.exe ，貌似什么也没有。ifort是我路径都正确，用gfortran也不行，这个文件应该怎么用呢？

终于把msdprg.f编译成了msdprg.exe,然后把HISTORY拷贝到一起，运行
./msdprg.exe

13楼2011-01-12 23:10:11

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Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 23:10:11:

终于把msdprg.f编译成了msdprg.exe,然后把HISTORY拷贝到一起，运行
./msdprg.exe

不要把HISTORY改名，要重新编辑一个msd_input文件，按照msdprg.f里要求的格式和你模拟所设置的参数输入变量：

=======================================================================
c    read the control variables

c    name of atomic species for autocorrelation
   read(5,*)atname

c    name of selected HISTORY file
   read(5,*)fname

c    HISTORY file formatted or unformatted
   read(5,*)fmt

c    total number of atoms in a HISTORY file configuration
   read(5,*)natms

c    time interval between successive configurations
   read(5,*)tstep

c    max number of configurations to sample
   read(5,*)nconf

c    working length of msd array
   read(5,*)nmsd

c    sampling interval
   read(5,*)isampl

c    interval between origins
   read(5,*)iomsd

c    average cell vectors (taken from dl_poly OUTPUT file)
   read(5,*)avcell
=========================================================================

然后直接执行./msdprg.exe，会生成一个msd_output

以下是一个msd_input样例

=========================================================================
C
HISTORY
formatted
720
1.0
5000
500
10
1
25.345 0.00 0.00
  0.00  25.345 0.00
  0.00 0.00  25.345
=========================================================================

14楼2011-01-13 08:57:50

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zyj8119

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Originally posted by winterz at 2011-01-13 08:57:50:

不要把HISTORY改名，要重新编辑一个msd_input文件，按照msdprg.f里要求的格式和你模拟所设置的参数输入变量：

=======================================================================
c read the ...

牛人啊，膜拜！！！

15楼2011-01-13 10:08:27

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meixinqing

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ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-02-05 20:56:26

可以用vmd分析

load的时候选择DLPOLY HISTORY
然后在graphical representations 里的selection 里看name 知道你要的原子名

然后在extension -- analysis --rdf 里，selection写name 原子名

eg

name O
name H

不过不太喜欢用vmd的，精度不够高，设置的delta r小，出来的图就怪怪的。。。。DL-POLY可以设置输出RDF，精度可以设置的很高