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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DLPOLY计算出来的结果，是否要编程才能分析？
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DLPOLY计算出来的结果，是否要编程才能分析？

计算出来的HISTORY文件，要怎么才能得到RDF,MSD等信息？
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1楼2011-01-12 15:57:55
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meixinqing

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-02-05 20:56:26
可以用vmd分析

load的时候选择DLPOLY HISTORY
然后在graphical representations 里的selection 里看name 知道你要的原子名

然后在extension -- analysis --rdf 里，selection写name 原子名

eg

name O
name H

不过不太喜欢用vmd的，精度不够高，设置的delta r小，出来的图就怪怪的。。。。DL-POLY可以设置输出RDF，精度可以设置的很高
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16楼2011-01-25 06:08:07
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zyj8119(金币+10):应该怎么做呢？ 2011-01-12 19:56:11
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-13 11:43:50
vmd 自身带的分析功能可以实现
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2楼2011-01-12 16:47:18
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zyj8119(金币+18):谢谢兄弟。。 2011-01-12 19:36:41
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-13 11:43:57
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 15:57:55:
计算出来的HISTORY文件，要怎么才能得到RDF,MSD等信息？

MSD使用自带的Java GUI和msdprg.f都可以计算。
RDF只要在CONTROL文件中写入以下两行，就会生成一个RDFDAT文件，里面是各原子RDF信息。
rdf    100
print rdf
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3楼2011-01-12 19:27:24
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2011-01-12 16:47:18:
vmd 自身带的分析功能可以实现

VMD应该怎么做？RDF和MSD都能分析吗？
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4楼2011-01-12 19:37:32
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