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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DLPOLY计算出来的结果，是否要编程才能分析？
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DLPOLY计算出来的结果，是否要编程才能分析？

计算出来的HISTORY文件，要怎么才能得到RDF,MSD等信息？
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1楼 2011-01-12 15:57:55
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+10):谢谢 2011-01-13 11:43:23
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 23:10:11:

终于把msdprg.f编译成了msdprg.exe,然后把HISTORY拷贝到一起，运行
./msdprg.exe

不要把HISTORY改名，要重新编辑一个msd_input文件，按照msdprg.f里要求的格式和你模拟所设置的参数输入变量：

=======================================================================
c     read the control variables
      
c     name of atomic species for autocorrelation
      read(5,*)atname
      
c     name of selected HISTORY file
      read(5,*)fname

c     HISTORY file formatted or unformatted
      read(5,*)fmt
      
c     total number of atoms in a HISTORY file configuration
      read(5,*)natms

c     time interval between successive configurations
      read(5,*)tstep
      
c     max number of configurations to sample
      read(5,*)nconf
      
c     working length of msd array
      read(5,*)nmsd

c     sampling interval
      read(5,*)isampl
      
c     interval between origins
      read(5,*)iomsd

c     average cell vectors (taken from dl_poly OUTPUT file)
      read(5,*)avcell
=========================================================================

然后直接执行./msdprg.exe，会生成一个msd_output

以下是一个msd_input样例

=========================================================================
C
HISTORY
formatted
720
1.0
5000
500
10
1
25.345    0.00    0.00
  0.00  25.345    0.00
  0.00    0.00  25.345
=========================================================================
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14楼2011-01-13 08:57:50
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zyj8119(金币+10):应该怎么做呢？ 2011-01-12 19:56:11
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-13 11:43:50
vmd 自身带的分析功能可以实现
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-01-12 16:47:18
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zyj8119(金币+18):谢谢兄弟。。 2011-01-12 19:36:41
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-13 11:43:57
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 15:57:55:
计算出来的HISTORY文件，要怎么才能得到RDF,MSD等信息？

MSD使用自带的Java GUI和msdprg.f都可以计算。
RDF只要在CONTROL文件中写入以下两行，就会生成一个RDFDAT文件，里面是各原子RDF信息。
rdf    100
print rdf
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3楼2011-01-12 19:27:24
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2011-01-12 16:47:18:
vmd 自身带的分析功能可以实现

VMD应该怎么做？RDF和MSD都能分析吗？
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4楼2011-01-12 19:37:32
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