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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】荧光定量PCR
汕头大学海洋科学接受调剂
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lij2

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】荧光定量PCR

请教各位高手：我是以质粒序列设计的引物和探针，想测定粪便中该菌的量。但现在遇到一个难题：我用纯菌提的基因组DNA做PCR做不出来，用质粒能做出来。粪便细菌又只有基因DNA提取的方法。
基因组试剂盒是可以连质粒一起提出来的吧，可PCR却做不出来，该怎么办？有从粪便提质粒的方法吗？还是该怎么优化PCR条件？
请指教！！！多谢多谢~~~
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1楼 2011-01-09 15:10:57
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lij2

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by genetics183 at 2011-01-09 16:52:53:
提基因组的试剂不能提质粒。
反之，亦然。

提基因组DNA的试剂盒提出来的DNA包括了质粒吧
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5楼2011-01-09 16:57:36
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翱宇

禁虫 (正式写手)
★ ★
dhd997(金币+2):热心版版，good 2011-01-09 16:39:36
lij2(金币+1): 2011-01-11 13:14:12
是否该菌在正常条件下没有了该质粒了，而你又是用质粒设计的引物，建议你提取菌的基因组DNA，找出保守序列，设计引物，检测该菌的含量。
荧光定量PCR对引物要求很高，退火温度等可以在60度左右，尽量避免污染！
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2楼2011-01-09 15:15:29
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genetics183

木虫 (正式写手)
lij2(金币+1): 2011-01-11 13:14:16
提基因组的试剂不能提质粒。
反之，亦然。
赞一下 回复此楼
3楼2011-01-09 16:52:53
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lij2

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 翱宇 at 2011-01-09 15:15:29:
是否该菌在正常条件下没有了该质粒了，而你又是用质粒设计的引物，建议你提取菌的基因组DNA，找出保守序列，设计引物，检测该菌的含量。
荧光定量PCR对引物要求很高，退火温度等可以在60度左右，尽量避免污染！

我是同一管菌，1ml提质粒，1ml提基因组DNA
基因组DNA设计不出特异的引物和探针，很苦恼啊
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4楼2011-01-09 16:56:46
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