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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于自由能MM-PBSA的计算
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vallen

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于自由能MM-PBSA的计算

在轨迹中提取出结构，用MM-PBSA来计算体系自由能，溶剂部分用PBSA计算，那么原来结构中的水分子是不是要去掉？


在AMBER中有工具可以直接计算MM-PBSA吗？
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1楼 2011-01-05 16:49:19
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sinokang

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-06 09:16:32
可以的，这是教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/
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3楼2011-01-05 20:50:13
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