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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】序列拼接
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cond

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】序列拼接 已有8人参与

我测序的序列用DNAMAN软件拼接了序列了之后，如何将它和另一对引物测的序列拼接起来？谢谢了！
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1楼 2010-12-27 21:05:00
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ciyang

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
可以用NCBI上，BLAST一下
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2楼2010-12-27 21:28:57
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cond

银虫 (正式写手)
麻烦说的具体点可以吗？
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3楼2010-12-27 21:45:29
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):good 2010-12-28 09:08:57
将另一条引物的测序结果reverse，与第一条引物测序结果比对，如果测通了的话，中间会出现重叠区。将重叠区序列合并，拼接就完成了。
赞一下(2人) 回复此楼
Thank-you，so-blue.
4楼2010-12-27 23:41:45
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-12-28 09:09:06
引用回帖:
Originally posted by cond at 2010-12-27 21:05:00:
我测序的序列用DNAMAN软件拼接了序列了之后，如何将它和另一对引物测的序列拼接起来？谢谢了！

楼主，DNA双链是反向平行的，找到两个片段重复的区域，就可以拼接了
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5楼2010-12-28 02:02:56
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cond

银虫 (正式写手)
谢谢您哦
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6楼2010-12-28 09:23:00
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三妹妹

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
打开DANMAN，sequence菜单下选择sequence assembly，然后在add file中加入待拼接的2条序列，点assemble，然后点show result，最后export consensus  sequence得到拼接好的序列。
有时需要将其中的一个序列存成Reverse and Complement 的形式，再拼接才是正确的
希望对你有帮助。
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7楼2010-12-28 09:59:50
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cond

银虫 (正式写手)
谢谢！我的页面总是出现“NO MERGE",请问这个怎么弄呢？
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8楼2010-12-28 10:58:06
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一个 contig 自动完成的事情， 有必要说这么复杂么。。。
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9楼2010-12-28 11:13:12
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trc9527

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
seqman可以把各个config自动拼接起来
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10楼2010-12-28 11:15:06
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