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倚门回首

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】CIF中怎么样产生氢键

我解结构时在lst文件中有氢键，但是我的CIF中没有氢键的列表，发文章应该要这个数据吧。我想问问怎么样在CIF文件中产生氢键列表。谢谢各位虫友。
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1楼 2010-12-17 17:45:47
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
应该是在ins中加入 HTAB
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2楼2010-12-18 00:46:50
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454106649

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
倚门回首(金币+3): 2010-12-18 20:23:51
引用回帖:
Originally posted by 倚门回首 at 2010-12-17 17:45:47:
我解结构时在lst文件中有氢键，但是我的CIF中没有氢键的列表，发文章应该要这个数据吧。我想问问怎么样在CIF文件中产生氢键列表。谢谢各位虫友。

你确定做氢键了吗？
    INS中加htab 精修，到lst文件中找到氢键表抄到INS中，格式是：
    htab  A1  A2
    （A1是给体，A2是受体，若有对称操作，则为：
    eqiv  $1   .......
    htab A1  A2_$1)
    还有就是你做xcif的时候是否选上氢键表？
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3楼2010-12-18 08:29:49
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倚门回首

金虫 (小有名气)
我在lst文件中

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O4-H4B         0.840    1.975   150.13    2.736    O2 [ x, -y+1/2, z-1/2 ]
O4-H4B         0.840    3.118   132.66    3.739    Br1 [ x, -y+1/2, z-1/2 ]

O4-H4B2        0.885    2.510   166.70    3.378    Br1 [ -x+1, y+1/2, -z+1/2 ]

我在ins中加上了
htab O4 Br1
htab O4 O2_$1
eqiv $1 x -1/2-Y -1/2+Z
精修以后，在lst中有了
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

** No suitable H-bond found for O4...Br1 = 3.190(4) A **
** No suitable H-bond found for O4...O2_$1 = 12.189(6) A **
这是怎么回事，
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4楼2010-12-18 20:22:06
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454106649

木虫 (著名写手)
倚门回首(金币+2): 2010-12-19 08:55:51
引用回帖:
Originally posted by 倚门回首 at 2010-12-18 20:22:06:
我在lst文件中

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O4-H4B         0.840    1.975   1 ...

写的格式对了吗？写操作码时候别写错了，而且不带中括号！你那个Br1怎么没带_$..呢！
感觉这些距离应该都还可以的！
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5楼2010-12-18 21:57:28
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fanghua3062

铁杆木虫 (小有名气)
★
倚门回首(金币+1):谢谢参与
倚门回首(金币+2): 2010-12-19 08:56:04
到ins文件中加入
eqiv $2 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $3 -x+1, y+1/2, -z+1/2
htab O4 Br1_$2
htab O4 Br1_$3
试一下。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-12-18 22:36:58
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