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shiluslu

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[求助] 弱的氢键如何加到cif里啊？

审稿人意见说：
1. In Table 1 (Hydrogen-bonding), add the following line:
C2---H2B...N1(*) [C...N 3.389 A].

但是这个氢键很弱，list里都找不到，连PLATON都检测不出来，在Mercury中拓展可以看到这个弱H键

请问各位高手，如何才能找出这个氢键，加进cif里啊

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1楼2011-07-02 20:52:11

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hqzhang

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【答案】应助回帖

shiluslu(金币+10): 2011-07-04 10:54:41
shiluslu(金币+5): 2011-07-23 20:37:38

C-H...O这类氢键, Shelx好象不给计算, 至少是我不知道如何算. 那么怎么算呢?

方法一: 用Platon, 或者PWT中的Platon 其中有Calc H-bond或Calc all的命令
方法二: 用Material Studio可以检查, 但要把C设为donor

但是, 根据一些虫子的报道, Platon算出来的氢键, 其对称操作码会和XP和shelx 算出来的不一致.
这个, 据我查看, 好象是Platon计算时, 有时会把你的文件中的有些原子坐标做个平移.(是不是这个原因, 要请熟悉Platon的人说说).
而要注意的是, 有时候, XP中的symmetry code (用SYMM指令)和最终CIF中的也会有所不同, 比如 P2(1)/n, 在XP中, 就把-x, -y, -z排在2, 而在cif中是在3.

我的看法, 如果你的结构是用Shelx或Shextl解的, 可以用Platon计算非常规氢键, 但不要相信platon所给的对称操作码, 因为platon做计算时可能把有些原子的坐标平移了.
这时候, 要回过头来用XP来查对正确的对称操作码.
比如我举的上述例子, 用Platon算的, 有个氢键是
O(21) --H(6) ..O(27) [ 2545.07] 0.86 1.95 2.6946 145

那你用XP打开.ins,
fmol后,
arad 0.2 2 2 O21
envi o21

你就会发现与O21距离是2.6946对应的O27的symmetry code是2556,
symm 一下, 发现
2 对应的是-x, -y, -z
所以, O27的对称操作是-x, -y, 1-z
而要注意的是, 在CIF中, -x, -y, -z是排在第三个的, 所以O27的symmetry code 最后在CIF中应为3556.

所以, 关键是要明白symmetry code的含义.
然后要以CIF中的为准.