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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】安装packmol的comfigure怎么指定编译器？
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】安装packmol的comfigure怎么指定编译器？

f the script was not able to find a suitable compiler, then you can manually set the compiler by:

./configure /path/to/your/compiler/yourcompiler
packmol网站上这么说，具体命令式？我的gfortran放在/usr/bin/gfortran
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1楼2010-12-10 17:33:29
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pjiang

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
帮忙顶一下
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2楼2010-12-11 00:49:09
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-11 09:36:26
在你的path里面只要定义好了你的编译器, 就不需要担心这个了.

一般可以这样 (我的是bash, 以Intel Fortran):

(1) # vi ~/.bash_profile

增加这两句:

PATH=/users/qphll/simulation/intelfortran/bin:$PATH
export PATH

保存后, 运行这句使得你的修改立刻生效:

# . ~/.bash_profile

(2) # ifort

尝试调用ifort, 这个命令让你知道是否可以anywhere直接调用

(3) # which ifort
这个命令让你double check 系统path里面的调用路径,是不是你想要的那个命令.
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3楼2010-12-11 02:19:41
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-12-11 02:19:41:
在你的path里面只要定义好了你的编译器, 就不需要担心这个了.

一般可以这样 (我的是bash, 以Intel Fortran):

(1) # vi ~/.bash_profile

增加这两句:

PATH=/users/qphll/simulation/intelfortran/bin: ...

不能用gfortran吗？
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4楼2010-12-11 09:33:19
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-18 20:33:57
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-11 09:33:19:

不能用gfortran吗？

你只需要类推就可以了...
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5楼2010-12-11 10:26:47
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boylc789

木虫 (著名写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
一同学习
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6楼2010-12-11 19:54:56
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
楼主你好，packmol你用的熟练嘛？我只会用最基本的功能，随机混合分子，能不能向你请教一下？
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7楼2010-12-18 12:41:37
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2010-12-18 12:41:37:
楼主你好，packmol你用的熟练嘛？我只会用最基本的功能，随机混合分子，能不能向你请教一下？

我也用的不太熟练。
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8楼2010-12-18 16:05:05
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cooloyyt

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-31 14:13:21
packmol设计的不太好，不能在指定分子取向的情况下随机分布分子，现在我是靠自己写的初始化程序配合它一块儿用，非常麻烦。
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10楼2010-12-30 23:29:17
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cooloyyt at 2010-12-30 23:29:17:
packmol设计的不太好，不能在指定分子取向的情况下随机分布分子，现在我是靠自己写的初始化程序配合它一块儿用，非常麻烦。

你能否共享下你的程序？
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11楼2010-12-31 00:06:55
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-04 17:20:06
引用回帖:
Originally posted by cooloyyt at 2010-12-30 23:29:17:
packmol设计的不太好，不能在指定分子取向的情况下随机分布分子，现在我是靠自己写的初始化程序配合它一块儿用，非常麻烦。

packmol是开源软件，为什么不按照自己的要求修改源程序呢？
另外希望能分享详细的建模过程！
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12楼2010-12-31 17:34:02
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cooloyyt

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+3):没有啊，很好啊，你的算法思想很好。。。。 2010-12-31 23:52:45
ghcacj(金币+10):谢谢 2011-01-04 17:20:15
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-31 00:06:55:

你能否共享下你的程序？

我是做液晶的，我简单说一下我的解决办法，比较笨，也算土法炼钢了
我的要求是，希望体系中所有液晶都有固定的取向，然后和另外一个组分（比如说球）混合。
我的办法是，自己生成一个充满取向一致的液晶的盒子，当然空间也是规则排列的。然后用packmol生成一盒子随机排列的球，数目为最终体系需要的数目，数目然后自己写个程序把这两组坐标读进去，然后做个距离判据，如果一个液晶和球相距小于阈值，就把该液晶删了，最终体系的数密度会比设定的偏差一点，这时候没办法只能调整调整模拟盒子的大小了。

关于packmol的fix选项，在我的印象里，一个inp里面fix的分子数不能超过10个还是20个，也就是说你希望体系里所有的分子的取向或者坐标都按照你的设置来排列的话，分子数不能超过一个数量。这时候可以采用这样的办法，分几步来，先把十几个固定的分子生成一个小的块，然后把小块当做一个分子，复制几块变成大块，最后摆成最终的构型。比如说生成一个两相体系，可以先分别生成其中一相构成的“块”，再把两块读入进去后看成两个大分子拼在一起。
这都是在只能用packmol的前提下想出的一些笨办法。见笑了。
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13楼2010-12-31 23:51:32
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cooloyyt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-12-31 17:34:02:

packmol是开源软件，为什么不按照自己的要求修改源程序呢？
另外希望能分享详细的建模过程！

没办法啊，不懂Fortran...要是c的早改了
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14楼2010-12-31 23:52:21
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黄石罐9楼
2010-12-19 12:53   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
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