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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】程序出错
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等待的心

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】程序出错 已有3人参与

昨天用一台四核的pc，安装的是RHE 4.0的系统 安装了intel 11.1的编译器，用mpich2-1.2.1p1完成了对siesta-3.0-rc1的编译，使用任务完成了对anatase的晶格优化，优化结果很好。想进一步完成对anatase 101面的结构优化，可这时候问题出现了，提交任务后，所有任务都是死进程，半天没有反应，CPU，内存占用率都为零。
望各位高手能帮帮我。

以下附上我的arch.make文件还有输入文件。
#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996- .
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-g
FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
LDFLAGS= -lpthread

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=/home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_gf_lp64.a /home/f
angwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_def.so /home/fangwei/intel/mkl/10.
2.4.032/lib/em64t/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.0
32/lib/em64t/libmkl_intel_lp64.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/l
ibmkl_core.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_sequential.a /
home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_intel_thread.a /home/fangwei
/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_intel_sp2dp.a
LAPACK_LIBS= /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_lapack95_lp64.
a
BLACS_LIBS=
SCALAPACK_LIBS= /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_scalapack_l
p64.a

COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/home/fangwei/mpich2/include/
DEFS_MPI=-DMPI

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

输入文件
# FDF file for Anatase101
# General System descriptors
SystemName Anatase101   # Descriptive name of the system
SystemLabel            Anatase101     # Short name for naming files
NumberOfAtoms           108            # Number of atoms
NumberOfSpecies         2            # Number of species
%block Chemical_Species_Label
  1   22   Ti
  2    8    O
%endblock Chemical_Species_Label
PAO.BasisSize      DZP
PAO.EnergyShift    0.01 eV
PAO.SplitNorm      0.5
# Lattice, coordinates, k-sampling
AtomicCoordinatesFormat Fractional
AtomicCoorFormatOut     Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.86320    0.00000    0.03417    1
0.00000    0.00000    0.19847    1
.......
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
LatticeConstant     10.2093 Ang
%block LatticeVectors
  1.000  0.000  0.000
  0.000  1.110  0.000
  0.000  0.000  2.092
%endblock LatticeVectors
%block kgrid_Monkhorst_Pack
2 0 0 0
0 2 0 0
0 0 1 0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
# DFT, Grid, SCF
XC.functional           GGA         # Exchange-correlation functional type
XC.authors              PBE         # Particular parametrization of xc func
SpinPolarized           .false.     # Spin unpolarized calculation
MeshCutoff              160. Ry     # Equivalent planewave cutoff for the grid
MaxSCFIterations        1000         # Maximum number of SCF iterations per step
DM.MixingWeight         0.3         # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance            1.d-4       # Tolerance in maximum difference
DM.NumberPulay          3           # Number of SCF steps between pulay mixing
# Eigenvalue problem: order-N or diagonalization
SolutionMethod          Diagon      # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature   25 meV        # Temp. for Fermi smearing
# Molecular dynamics and relaxations
MD.TypeOfRun            cg          # Type of dynamics:
MD.MaxForceTol          0.03 eV/Ang
# Output options
WriteCoorInitial     
WriteCoorStep      
WriteForces         
WriteKpoints            .false.
WriteEigenvalues        .false.
WriteKbands             .false.
WriteBands              .false.
WriteMullikenPop        3            # Write Mulliken Population Analysis
WriteCoorXmol           .false.
WriteMDCoorXmol         .false.
WriteMDhistory          .false.
WriteCoorXmol           .false.
XML.Write               .false.
# Options for saving/reading information
DM.UseSaveDM                         # Use DM Continuation files
MD.UseSaveXV            .false.      # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG            .false.      # Use stored positions and velocities
SaveRho                              # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho                         # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential .false.   # Write the total elect. pot. at the mesh
SaveTotalPotential      .false.      # Write the total pot. at the mesh
WriteSiestaDim          .false.      # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar                         # Write information for DENCHAR



[ Last edited by 等待的心 on 2010-6-12 at 15:00 ]
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waitingisbeautiful!
1楼 2010-06-12 14:58:19
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163.com

金虫 (著名写手)

实习版主
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-06-13 07:58:17
等待的心(金币+2): 2010-06-13 08:35:51
用kill命令将siesta全部杀掉，把CPU调小重试
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阿什顿联
2楼2010-06-13 00:15:17
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
等待的心(金币+18):感谢你的帮助 后来我使用ifort9和mpich1完成了编译 已经可以计算了 2010-06-19 23:14:05
zzy870720z(金币+2):感谢指导 2010-06-20 13:10:49
引用回帖:
Originally posted by 等待的心 at 2010-06-12 07:58:19:
昨天用一台四核的pc，安装的是RHE 4.0的系统 安装了intel 11.1的编译器，用mpich2-1.2.1p1完成了对siesta-3.0-rc1的编译，使用任务完成了对anatase的晶格优化，优化结果很好。想进一步完成对anatase 101面的结构优 ...

你的问题不知道搞定了没有，建议你不要用ifort11版本去编译。试一下10或者9的版本，然后用相应的安装好的ifort去编译mpich1或者openmpi先不要尝试mpich2.我用mpich2没有安装成功。但是mpich1和openmpi的安装的能够节点之内并行没有什么问题！这个是我的具体的安装过程http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1930406&fpage=2

[ Last edited by zhangguangping on 2010-6-19 at 14:17 ]
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弘德明志博学笃行
3楼2010-06-19 21:13:21
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identation

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-06-19 21:13:21:
你的问题不知道搞定了没有，建议你不要用ifort11版本去编译。试一下10或者9的版本，然后用相应的安装好的ifort去编译mpich1或者openmpi先不要尝试mpich2.我用mpich2没有安装成功。但是mpich1和openmpi的安装的能 ...

请教一下 如果用10版本的话 那我之前用intel11编译的其他程序会不会不能用啊？ 谢谢
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4楼2011-07-17 15:46:41
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by identation at 2011-07-17 08:46:41:
请教一下 如果用10版本的话 那我之前用intel11编译的其他程序会不会不能用啊？ 谢谢

不会的。
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弘德明志博学笃行
5楼2011-07-17 17:59:23
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