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等待的心金虫 (正式写手)
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【求助】程序出错 已有3人参与
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昨天用一台四核的pc，安装的是RHE 4.0的系统 安装了intel 11.1的编译器，用mpich2-1.2.1p1完成了对siesta-3.0-rc1的编译，使用任务完成了对anatase的晶格优化，优化结果很好。想进一步完成对anatase 101面的结构优化，可这时候问题出现了，提交任务后，所有任务都是死进程，半天没有反应，CPU，内存占用率都为零。 望各位高手能帮帮我。 以下附上我的arch.make文件还有输入文件。 # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996- . # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= -lpthread ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=/home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_gf_lp64.a /home/f angwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_def.so /home/fangwei/intel/mkl/10. 2.4.032/lib/em64t/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.0 32/lib/em64t/libmkl_intel_lp64.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/l ibmkl_core.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_sequential.a / home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_intel_thread.a /home/fangwei /intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_intel_sp2dp.a LAPACK_LIBS= /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_lapack95_lp64. a BLACS_LIBS= SCALAPACK_LIBS= /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_scalapack_l p64.a COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/home/fangwei/mpich2/include/ DEFS_MPI=-DMPI #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< 输入文件 # FDF file for Anatase101 # General System descriptors SystemName Anatase101 # Descriptive name of the system SystemLabel Anatase101 # Short name for naming files NumberOfAtoms 108 # Number of atoms NumberOfSpecies 2 # Number of species %block Chemical_Species_Label 1 22 Ti 2 8 O %endblock Chemical_Species_Label PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.01 eV PAO.SplitNorm 0.5 # Lattice, coordinates, k-sampling AtomicCoordinatesFormat Fractional AtomicCoorFormatOut Fractional %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.86320 0.00000 0.03417 1 0.00000 0.00000 0.19847 1 ....... %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies LatticeConstant 10.2093 Ang %block LatticeVectors 1.000 0.000 0.000 0.000 1.110 0.000 0.000 0.000 2.092 %endblock LatticeVectors %block kgrid_Monkhorst_Pack 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack # DFT, Grid, SCF XC.functional GGA # Exchange-correlation functional type XC.authors PBE # Particular parametrization of xc func SpinPolarized .false. # Spin unpolarized calculation MeshCutoff 160. Ry # Equivalent planewave cutoff for the grid MaxSCFIterations 1000 # Maximum number of SCF iterations per step DM.MixingWeight 0.3 # New DM amount for next SCF cycle DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference DM.NumberPulay 3 # Number of SCF steps between pulay mixing # Eigenvalue problem: order-N or diagonalization SolutionMethod Diagon # OrderN or Diagon ElectronicTemperature 25 meV # Temp. for Fermi smearing # Molecular dynamics and relaxations MD.TypeOfRun cg # Type of dynamics: MD.MaxForceTol 0.03 eV/Ang # Output options WriteCoorInitial WriteCoorStep WriteForces WriteKpoints .false. WriteEigenvalues .false. WriteKbands .false. WriteBands .false. WriteMullikenPop 3 # Write Mulliken Population Analysis WriteCoorXmol .false. WriteMDCoorXmol .false. WriteMDhistory .false. WriteCoorXmol .false. XML.Write .false. # Options for saving/reading information DM.UseSaveDM # Use DM Continuation files MD.UseSaveXV .false. # Use stored positions and velocities MD.UseSaveCG .false. # Use stored positions and velocities SaveRho # Write valence pseudocharge at the mesh SaveDeltaRho # Write RHOscf-RHOatm at the mesh SaveElectrostaticPotential .false. # Write the total elect. pot. at the mesh SaveTotalPotential .false. # Write the total pot. at the mesh WriteSiestaDim .false. # Write minimum dim to siesta.h and stop WriteDenchar # Write information for DENCHAR  [ Last edited by 等待的心 on 2010-6-12 at 15:00 ] |
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4楼2011-07-17 15:46:41
163.com
金虫 (著名写手)
实习版主
- 应助: 2 (幼儿园)
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- 在线: 87小时
- 虫号: 923817
- 注册: 2009-12-09
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2010-06-13 00:15:17
zhangguangping
木虫 (著名写手)
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- 专业: 原子和分子物理
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等待的心(金币+18):感谢你的帮助 后来我使用ifort9和mpich1完成了编译 已经可以计算了 2010-06-19 23:14:05
zzy870720z(金币+2):感谢指导 2010-06-20 13:10:49
等待的心(金币+18):感谢你的帮助 后来我使用ifort9和mpich1完成了编译 已经可以计算了 2010-06-19 23:14:05
zzy870720z(金币+2):感谢指导 2010-06-20 13:10:49
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你的问题不知道搞定了没有，建议你不要用ifort11版本去编译。试一下10或者9的版本，然后用相应的安装好的ifort去编译mpich1或者openmpi先不要尝试mpich2.我用mpich2没有安装成功。但是mpich1和openmpi的安装的能够节点之内并行没有什么问题！这个是我的具体的安装过程http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1930406&fpage=2 [ Last edited by zhangguangping on 2010-6-19 at 14:17 ] |
3楼2010-06-19 21:13:21
zhangguangping
木虫 (著名写手)
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- 专业: 原子和分子物理
5楼2011-07-17 17:59:23
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