24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1926  |  回复: 13

[交流] 【求助】安装packmol的comfigure怎么指定编译器?

f the script was not able to find a suitable compiler, then you can manually set the compiler by:

./configure /path/to/your/compiler/yourcompiler
packmol网站上这么说,具体命令式?我的gfortran放在/usr/bin/gfortran
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pjiang

金虫 (正式写手)



zyj8119(金币+1):谢谢参与
帮忙顶一下
2楼2010-12-11 00:49:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-11 09:36:26
在你的path里面只要定义好了你的编译器, 就不需要担心这个了.

一般可以这样 (我的是bash, 以Intel Fortran):

(1) # vi ~/.bash_profile

增加这两句:

PATH=/users/qphll/simulation/intelfortran/bin:$PATH
export PATH

保存后, 运行这句使得你的修改立刻生效:

# . ~/.bash_profile

(2) # ifort

尝试调用ifort, 这个命令让你知道是否可以anywhere直接调用

(3) # which ifort
这个命令让你double check 系统path里面的调用路径,是不是你想要的那个命令.
3楼2010-12-11 02:19:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-12-11 02:19:41:
在你的path里面只要定义好了你的编译器, 就不需要担心这个了.

一般可以这样 (我的是bash, 以Intel Fortran):

(1) # vi ~/.bash_profile

增加这两句:

PATH=/users/qphll/simulation/intelfortran/bin: ...

不能用gfortran吗?
4楼2010-12-11 09:33:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)


★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-18 20:33:57
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-11 09:33:19:

不能用gfortran吗?

你只需要类推就可以了...
5楼2010-12-11 10:26:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)



zyj8119(金币+1):谢谢参与
????
6楼2010-12-11 19:54:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)



zyj8119(金币+1):谢谢参与
楼主你好,packmol你用的熟练嘛?我只会用最基本的功能,随机混合分子,能不能向你请教一下?
7楼2010-12-18 12:41:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2010-12-18 12:41:37:
楼主你好,packmol你用的熟练嘛?我只会用最基本的功能,随机混合分子,能不能向你请教一下?

我也用的不太熟练。
8楼2010-12-18 16:05:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cooloyyt

新虫 (初入文坛)


★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-31 14:13:21
packmol设计的不太好,不能在指定分子取向的情况下随机分布分子,现在我是靠自己写的初始化程序配合它一块儿用,非常麻烦。
10楼2010-12-30 23:29:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
Originally posted by cooloyyt at 2010-12-30 23:29:17:
packmol设计的不太好,不能在指定分子取向的情况下随机分布分子,现在我是靠自己写的初始化程序配合它一块儿用,非常麻烦。

你能否共享下你的程序?
11楼2010-12-31 00:06:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-04 17:20:06
引用回帖:
Originally posted by cooloyyt at 2010-12-30 23:29:17:
packmol设计的不太好,不能在指定分子取向的情况下随机分布分子,现在我是靠自己写的初始化程序配合它一块儿用,非常麻烦。

packmol是开源软件,为什么不按照自己的要求修改源程序呢?
另外希望能分享详细的建模过程!
12楼2010-12-31 17:34:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cooloyyt

新虫 (初入文坛)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+3):没有啊,很好啊,你的算法思想很好。。。。 2010-12-31 23:52:45
ghcacj(金币+10):谢谢 2011-01-04 17:20:15
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-31 00:06:55:

你能否共享下你的程序?

我是做液晶的,我简单说一下我的解决办法,比较笨,也算土法炼钢了
我的要求是,希望体系中所有液晶都有固定的取向,然后和另外一个组分(比如说球)混合。
我的办法是,自己生成一个充满取向一致的液晶的盒子,当然空间也是规则排列的。然后用packmol生成一盒子随机排列的球,数目为最终体系需要的数目,数目然后自己写个程序把这两组坐标读进去,然后做个距离判据,如果一个液晶和球相距小于阈值,就把该液晶删了,最终体系的数密度会比设定的偏差一点,这时候没办法只能调整调整模拟盒子的大小了。

关于packmol的fix选项,在我的印象里,一个inp里面fix的分子数不能超过10个还是20个,也就是说你希望体系里所有的分子的取向或者坐标都按照你的设置来排列的话,分子数不能超过一个数量。这时候可以采用这样的办法,分几步来,先把十几个固定的分子生成一个小的块,然后把小块当做一个分子,复制几块变成大块,最后摆成最终的构型。比如说生成一个两相体系,可以先分别生成其中一相构成的“块”,再把两块读入进去后看成两个大分子拼在一起。
这都是在只能用packmol的前提下想出的一些笨办法。见笑了。
13楼2010-12-31 23:51:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cooloyyt

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-12-31 17:34:02:

packmol是开源软件,为什么不按照自己的要求修改源程序呢?
另外希望能分享详细的建模过程!

没办法啊,不懂Fortran...要是c的早改了
14楼2010-12-31 23:52:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
黄石罐9楼
2010-12-19 12:53   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
顶一下。
相关版块跳转 我要订阅楼主 zyj8119 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703 化学 求调剂,一志愿山东大学 342 分 +5 Shern—- 2026-03-28 5/250 2026-03-29 23:32 by 飞行日记西
[考研] 化学0703 调剂 306分 一志愿211 +7 26要上岸 2026-03-28 7/350 2026-03-29 20:04 by 无际的草原
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +22 RichLi_ 2026-03-25 22/1100 2026-03-29 19:51 by 无际的草原
[考研] 289求调剂 +13 新时代材料 2026-03-27 13/650 2026-03-29 01:16 by 544594351
[考研] 295求调剂 +4 wei-5 2026-03-26 4/200 2026-03-28 23:20 by 小木虫tim
[考研] 求调剂 +7 争取九点睡 2026-03-28 8/400 2026-03-28 21:07 by 争取九点睡
[考研] 083000学硕274求调剂 +8 Li李鱼 2026-03-26 8/400 2026-03-28 20:33 by 加油向未来啊
[考研] 070300求调剂306分 +4 26要上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-28 13:06 by 唐沐儿
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 085600,材料与化工321分,求调剂 +9 大馋小子 2026-03-27 9/450 2026-03-27 14:30 by mmm just
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 材料求调剂 +5 .m.. 2026-03-25 5/250 2026-03-27 11:08 by 不吃魚的貓
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 材料考研求调剂 +3 Dendel 2026-03-23 6/300 2026-03-26 17:51 by fmesaito
[考研] 一志愿哈工大,085400,320,求调剂 +4 gdlf9999 2026-03-24 4/200 2026-03-25 23:01 by boxking200
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:03 by Ainin_
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
信息提示
请填处理意见