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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】PCR效果问题 已有6人参与

小虫最近用昆虫COII的通用引物对一批一个样本进行了扩增(基因组之前用cytb、COI通用引物分别进行了扩增,效果不错),25ul体系:10*buffer2.5ul,2.5mMdNTP2ul,10UM引物各0.5ul,taq酶1U,模板与之前扩cytb等一致,0.5ul;
退火温度分别采用了46-52度梯度,另外还采用了文献方法,先46度退火6个循环,再52度30循环(不知道是什么原理),结果电泳效果大家都一致,均为较弱的涂抹带。大家能帮忙分析分析可能是哪方面的问题吗?有没有可能得到改进呢

图片右起依次为DL2000marker,空白,46、48、50、52退火及两步退火产物
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主

建议放一个内参图片
2楼2010-12-10 12:59:38
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nkk12345

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
内容已删除
3楼2010-12-10 14:43:53
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
找个确定的做对照 ,以排除试剂的问题
4楼2010-12-10 18:17:36
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

内容已删除
5楼2010-12-10 21:27:52
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-12-10 18:17:36:
找个确定的做对照 ,以排除试剂的问题

试剂的问题似乎不大。您指的对照不一定是用这对引物吧。
6楼2010-12-10 21:29:28
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):good 2010-12-11 08:41:54
依据我的感觉,你这个扩增不是PCR反应的问题,是引物问题,引物的Tm是多少?会不会比52度高很多,如果不会高很多,劝你放弃这个引物吧。另外还有一种可能就是之前很好的DNA,现在降解了,但是这种可能很小,还是应该考虑引物问题
7楼2010-12-10 21:41:20
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-12-10 21:41:20:
依据我的感觉,你这个扩增不是PCR反应的问题,是引物问题,引物的Tm是多少?会不会比52度高很多,如果不会高很多,劝你放弃这个引物吧。另外还有一种可能就是之前很好的DNA,现在降解了,但是这种可能很小,还是应 ...

我是用的文献上的引物序列
EVA:GAGACCATTACTTGCTTTCAGTCACT
PATRICK:CTAATATGGCAGATTATATGTATTGG
似乎是比52度高很多,那您的意思是提高退火温度试试?
8楼2010-12-10 21:52:33
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tryingtimes

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
图片的焦距就是你扫描后,查看图片时候放大缩小的问题吧,你别把图片放太大就行了~
没完没了
9楼2010-12-10 23:13:45
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-12-10 21:41:20:
依据我的感觉,你这个扩增不是PCR反应的问题,是引物问题,引物的Tm是多少?会不会比52度高很多,如果不会高很多,劝你放弃这个引物吧。另外还有一种可能就是之前很好的DNA,现在降解了,但是这种可能很小,还是应 ...

您的判断非常精准呢我又提高温度跑了梯度,还是涂抹带,同时用了另一对引物,那对引物出了亮带
10楼2010-12-13 20:05:25
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