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lyy880530

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】过渡态能量

计算的体系有两个过渡态的能量都比与其相连的一侧极小值的能量低，并且低的多的那个达到了7kcal/mol，从过渡态的振动方式上看，应该是正确的，基态和激发态找到的过渡态的结构也差不多。跑IRC没有正常结束，但是取两边的结构再优化，结果与已经优化好的极小值一样。
遇到这种情况应该怎么处理，是不是计算中会出现这种情况，那么过渡态的能量比极小值能量低多少可以接受，可以解释呢，又怎么解释呢
请各位虫子帮忙，谢谢大家

[ Last edited by lyy880530 on 2010-12-7 at 19:34 ]
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1楼 2010-12-07 19:31:00
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小红豆(金币+3):感谢交流 2010-12-08 08:44:34
lyy880530(金币+1):3 2011-01-04 20:08:50
那不行吧？是不是这个过渡态是更稳定的，又或者是这个过渡态跟稳定的之间还有过渡态呢？
好好分析一下，呵呵
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2楼2010-12-07 22:31:18
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mchen10

金虫 (正式写手)
lyy880530(金币+8): 2010-12-11 10:50:35
引用回帖:
Originally posted by lyy880530 at 2010-12-07 19:31:00:
计算的体系有两个过渡态的能量都比与其相连的一侧极小值的能量低，并且低的多的那个达到了7kcal/mol，从过渡态的振动方式上看，应该是正确的，基态和激发态找到的过渡态的结构也差不多。跑IRC没有正常结束，但是取 ...

how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, it could be the symmetry breaking in the density.
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3楼2010-12-08 04:09:28
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lyy880530

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2010-12-08 04:09:28:


how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, i ...

虚频是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考虑，都会产生什么影响呢
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4楼2010-12-08 09:18:09
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mchen10

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lyy880530 at 2010-12-08 09:18:09:

虚频是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考虑，都会产生什么影响呢

it looks like a good Transition state since the iFreq is big.

check if you have ignored the complexation.

for example: A + B = C reaaction, X is the transition state

it is possible that E(X) < E(A) + E(B), because A and B and form weakly bonding complex A - - B, which lower the energy of the system. This gives E(X) > E(A - - B), and X is the valid transition state.

Hope this could fit your case ..
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5楼2010-12-08 11:05:40
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yan824

木虫 (小有名气)
lyy880530(金币+8): 2010-12-11 10:51:49
我看过有些反应的过渡态是比反应物和产物能量低，但是反应物和过渡态中间有个结构，这个结构是反应物要进行反应之前做的一个变化，变化之后，能量就降低了，但而且比过渡态低。于是可以把它作为反应物。这是我在一篇文献里看到的。文献中的反应物是两个，经过优化，两个反应物相互作用成为一个体系，这个体系没有虚频，能量低于过渡态，可以作为新的反应物。不知道有没有道理。
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6楼2010-12-08 11:12:15
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manson1998

金虫 (著名写手)
lyy880530(金币+8): 2010-12-11 10:51:10
这种过渡态能量比R/P低是自由能还是电子能？
-----都尝试一下。
计算的模型是否是完整模型？
-----如果在简单模型中遇到这种问题，且无论电子能或者自由能都无法得出结论的话，用完整模型试一下。
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7楼2010-12-08 11:14:25
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manson1998

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yan824 at 2010-12-08 11:12:15:
我看过有些反应的过渡态是比反应物和产物能量低，但是反应物和过渡态中间有个结构，这个结构是反应物要进行反应之前做的一个变化，变化之后，能量就降低了，但而且比过渡态低。于是可以把它作为反应物。这是我在一 ...

。。。你说的是中间体吧
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8楼2010-12-08 11:16:10
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yan824

木虫 (小有名气)
lyy880530(金币+2): 2011-01-04 20:11:18
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-12-08 11:16:10:


。。。你说的是中间体吧

可能是吧，可以成为中间体吧，我感觉我楼上用英文说的也是我那个意思，可能我说的比较不规范，中间有些漏洞。
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9楼2010-12-08 11:20:13
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mscic

金虫 (正式写手)
lyy880530(金币+3): 2011-01-04 20:10:16
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-12-08 11:16:10:


。。。你说的是中间体吧

这个是一个COMPLEX结构（一般是由于弱的相互作用形成的，比如氢键），能量自然会比反应物低。
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10楼2010-12-08 11:21:42
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manson1998

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by mscic at 2010-12-08 11:21:42:



这个是一个COMPLEX结构（一般是由于弱的相互作用形成的，比如氢键），能量自然会比反应物低。

。。。。这和楼主的问题有啥关系，楼主说了过渡态比临近的极小值还低，又没说比反应物低。
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11楼2010-12-08 11:34:51
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yan824

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-12-08 11:34:51:

。。。。这和楼主的问题有啥关系，楼主说了过渡态比临近的极小值还低，又没说比反应物低。

那不知道是不是过渡态照的不对啊？
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12楼2010-12-08 11:37:22
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boylc789

木虫 (著名写手)
应该是中间还有个中间体
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13楼2010-12-08 11:59:04
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