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lyy880530

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】过渡态能量

计算的体系有两个过渡态的能量都比与其相连的一侧极小值的能量低，并且低的多的那个达到了7kcal/mol，从过渡态的振动方式上看，应该是正确的，基态和激发态找到的过渡态的结构也差不多。跑IRC没有正常结束，但是取两边的结构再优化，结果与已经优化好的极小值一样。
遇到这种情况应该怎么处理，是不是计算中会出现这种情况，那么过渡态的能量比极小值能量低多少可以接受，可以解释呢，又怎么解释呢
请各位虫子帮忙，谢谢大家

[ Last edited by lyy880530 on 2010-12-7 at 19:34 ]
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1楼 2010-12-07 19:31:00
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lyy880530

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2010-12-08 04:09:28:


how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, i ...

虚频是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考虑，都会产生什么影响呢
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4楼2010-12-08 09:18:09
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小红豆(金币+3):感谢交流 2010-12-08 08:44:34
lyy880530(金币+1):3 2011-01-04 20:08:50
那不行吧？是不是这个过渡态是更稳定的，又或者是这个过渡态跟稳定的之间还有过渡态呢？
好好分析一下，呵呵
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2楼2010-12-07 22:31:18
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mchen10

金虫 (正式写手)
lyy880530(金币+8): 2010-12-11 10:50:35
引用回帖:
Originally posted by lyy880530 at 2010-12-07 19:31:00:
计算的体系有两个过渡态的能量都比与其相连的一侧极小值的能量低，并且低的多的那个达到了7kcal/mol，从过渡态的振动方式上看，应该是正确的，基态和激发态找到的过渡态的结构也差不多。跑IRC没有正常结束，但是取 ...

how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, it could be the symmetry breaking in the density.
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3楼2010-12-08 04:09:28
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mchen10

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lyy880530 at 2010-12-08 09:18:09:

虚频是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考虑，都会产生什么影响呢

it looks like a good Transition state since the iFreq is big.

check if you have ignored the complexation.

for example: A + B = C reaaction, X is the transition state

it is possible that E(X) < E(A) + E(B), because A and B and form weakly bonding complex A - - B, which lower the energy of the system. This gives E(X) > E(A - - B), and X is the valid transition state.

Hope this could fit your case ..
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5楼2010-12-08 11:05:40
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