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zhulijuan001

金虫 (小有名气)


[交流] 【讨论】rdf

有没有可以详细说一下PTRAJ计算RDF的这个命令,就是这个命令的参数的具体意义以及如何设置这些参数,看了手册,可还是不太懂,我计算了一个水分子在蛋白质周围的分布,用的命令是
radial rdf 0.05 10 :WAT :1-235,可是图很异常,有没有人遇到过类似的情况,可以给一点建议?

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zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
你算的明明是RMSD
2楼2010-11-24 22:23:37
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-11-24 22:23:37:
你算的明明是RMSD

是图上的标记错了,实际是RDF,横坐标是R,纵坐标是G(R)。
3楼2010-11-25 09:29:22
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by zhulijuan001 at 2010-11-25 09:29:22:

是图上的标记错了,实际是RDF,横坐标是R,纵坐标是G(R)。

怎么没人呀!
4楼2010-11-25 17:00:56
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★ ★
zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-26 12:52:25
这个RDF没有归一化。
5楼2010-11-25 17:53:19
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-11-25 17:53:19:
这个RDF没有归一化。

是我的模拟错了还是我的命令错了?
6楼2010-11-26 10:14:00
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★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:52:34
引用回帖:
Originally posted by zhulijuan001 at 2010-11-26 10:14:00:

是我的模拟错了还是我的命令错了?

这个我就不清楚了。你的RDF的形状倒是很像是未归一化的RDF。
7楼2010-11-26 12:23:44
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