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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】rdf
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】rdf

有没有可以详细说一下PTRAJ计算RDF的这个命令，就是这个命令的参数的具体意义以及如何设置这些参数，看了手册，可还是不太懂，我计算了一个水分子在蛋白质周围的分布，用的命令是
radial rdf 0.05 10 :WAT :1-235，可是图很异常，有没有人遇到过类似的情况，可以给一点建议？
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1楼 2010-11-24 19:40:29
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:52:34
引用回帖:
Originally posted by zhulijuan001 at 2010-11-26 10:14:00:

是我的模拟错了还是我的命令错了？

这个我就不清楚了。你的RDF的形状倒是很像是未归一化的RDF。
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7楼2010-11-26 12:23:44
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)
★
zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
你算的明明是RMSD
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2楼2010-11-24 22:23:37
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-11-24 22:23:37:
你算的明明是RMSD

是图上的标记错了，实际是RDF，横坐标是R，纵坐标是G(R)。
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3楼2010-11-25 09:29:22
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhulijuan001 at 2010-11-25 09:29:22:

是图上的标记错了，实际是RDF，横坐标是R，纵坐标是G(R)。

怎么没人呀！
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4楼2010-11-25 17:00:56
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