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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】寻找基因组序列中的单拷贝基因
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小心点

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】寻找基因组序列中的单拷贝基因

最近要做实时定量PCR确定质粒拷贝数，但是需要基因组中的一个单拷贝基因作为标准品。这个种的几个菌的基因组已经有一些被报道并发布了，很好找。
但是请问怎么从这些基因组中找出能被国际承认的单拷贝标准基因呢？
希望做相关实验的前辈们和同学们能不吝赐教，谢谢~~
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1楼 2010-11-09 21:32:07
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小心点

金虫 (正式写手)
人工置顶...有没有人帮个忙啊？貌似要做基因组方面工作的童鞋才行
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2楼2010-11-15 17:50:14
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jfl0504

木虫 (小有名气)
★
小心点(金币+1):谢谢参与
期待中
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3楼2010-11-16 13:34:22
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minfeng0608

新虫 (初入文坛)
★
小心点(金币+1):谢谢参与
小心点(金币+2):理论上是这样的，但你怎么拿到你认为是单拷贝的基因序列的呢？ 2010-11-18 09:06:35
我也需要用一些单拷贝基因来试验，我只是得到这些基因的序列，通过BLAST，如果结果中只有一个该物种目标片段，能否认为其是单拷贝啊。。。
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4楼2010-11-17 20:35:28
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minfeng0608

新虫 (初入文坛)
我也需要用一些单拷贝基因来试验，我只是得到这些基因的序列，通过BLAST，如果结果中只有一个该物种目标片段，能否认为其是单拷贝啊。。。
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5楼2010-11-17 20:41:30
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千年一雨

木虫 (正式写手)
★
小心点(金币+1):谢谢参与
期待答案！！！
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6楼2010-11-17 20:48:17
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小心点(金币+1):谢谢参与
小心点(金币+2):同问 2010-11-18 09:10:45
引用回帖:
Originally posted by minfeng0608 at 2010-11-17 20:41:30:
我也需要用一些单拷贝基因来试验，我只是得到这些基因的序列，通过BLAST，如果结果中只有一个该物种目标片段，能否认为其是单拷贝啊。。。

结果蛮多的咧，一个一个看吗？
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7楼2010-11-17 20:49:36
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minfeng0608

新虫 (初入文坛)
★ ★
dhd997(金币+2):谢谢交流 2010-11-18 08:42:38
小心点(金币+2):如何选择blast的备选基因序列呢？一个基因组那么多基因，不能一个一个都blast的吧 2010-11-18 09:08:31
BLAST结果，通过其每个结果的描述可看出，如果显示该物种很多染色体上都有该片段，则剔除；只选择该物种某一条染色体的某个特定位置有该片段，别的位置都没有的，只有在别的物种才有的，是不是这样啊，仅供参考啊。。。
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8楼2010-11-18 08:37:30
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
小心点(金币+5):很有参考价值，试试看 2010-11-19 15:40:10
1、我知道一个软件，叫vmatch，可以自动检测基因组里面的重复，不过里面有一个BUG,就是只能搜索出一样的重复序列~~~
2、我想，是不是可以用RepeatMasker,先预选几个基因，再一个一个扫描，这个扫描速度蛮快的，只要预选基因找到了，几秒钟就扫完了~~可以扫很多，一个一个试~~~或者localblast，一个一个试~~~人个愚见，抛砖引玉~~~
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9楼2010-11-18 10:20:14
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