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小心点

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助/交流】寻找基因组序列中的单拷贝基因

最近要做实时定量PCR确定质粒拷贝数，但是需要基因组中的一个单拷贝基因作为标准品。这个种的几个菌的基因组已经有一些被报道并发布了，很好找。
但是请问怎么从这些基因组中找出能被国际承认的单拷贝标准基因呢？
希望做相关实验的前辈们和同学们能不吝赐教，谢谢~~

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1楼2010-11-09 21:32:07

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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

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小心点(金币+5):很有参考价值，试试看 2010-11-19 15:40:10

1、我知道一个软件，叫vmatch，可以自动检测基因组里面的重复，不过里面有一个BUG,就是只能搜索出一样的重复序列~~~
2、我想，是不是可以用RepeatMasker,先预选几个基因，再一个一个扫描，这个扫描速度蛮快的，只要预选基因找到了，几秒钟就扫完了~~可以扫很多，一个一个试~~~或者localblast，一个一个试~~~人个愚见，抛砖引玉~~~