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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】关于加H问题
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Nocturne

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于加H问题 已有2人参与

我在XP命令后 N原子加H
使用命令HADD
精修过后，发现其中一个H的位置发生变化，
我用Diamond分别打开.ins   .res和cif文件
发现分子间距离不一样，相差较大，请问这是什么原因？
精修过后和之前的H原子位置为什么发生变化？
谢谢！！
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1楼 2010-11-05 20:17:58
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乐此不疲

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来！ 2010-11-06 07:35:58
建议LZ，把这个N上的氢删掉用差值傅里叶找氢找找看
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2楼2010-11-05 20:28:30
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Nocturne

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 乐此不疲 at 2010-11-05 13:28:30:
建议LZ，把这个N上的氢删掉用差值傅里叶找氢找找看

请问用什么命令？
谢谢！
我对有机分子加氢不太熟悉
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3楼2010-11-05 20:33:29
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zqfkkd

铁杆木虫 (正式写手)
wsht212:谢谢交流，希望常来！ 2010-11-06 07:36:14
二楼正解，对于数据质量还可以的晶体。N或游离水上的H，建议傅里叶寻氢。
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4楼2010-11-05 20:35:45
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乐此不疲

木虫 (正式写手)
★
Nocturne(金币+1):谢谢！ 我试了下，不可以我通过Q峰找H找不到，根据键长 2010-11-05 21:15:53
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来！ 2010-11-06 07:36:42
主体结构找完之后，先在ins文件里加入anis然后找氢。比较确定H位置的就用HADD命令。不确定的，就做几次XL指认N原子旁边合适的Q峰为H（用bang命令看看键长），这就是差值傅里叶找氢。因为XL就是对结构模型进行差值傅里叶合成计算和最小二乘法精修的。
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5楼2010-11-05 20:46:05
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Nocturne

木虫 (正式写手)
我试了下，不可以我通过Q峰找H找不到，根据键长，我的晶体质量不好。
引用回帖:
Originally posted by 乐此不疲 at 2010-11-05 13:46:05:
主体结构找完之后，先在ins文件里加入anis然后找氢。比较确定H位置的就用HADD命令。不确定的，就做几次XL指认N原子旁边合适的Q峰为H（用bang命令看看键长），这就是差值傅里叶找氢。因为XL就是对结构模型进行差值 ...

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6楼2010-11-05 21:32:10
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乐此不疲

木虫 (正式写手)
★
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来！ 2010-11-06 07:37:11
先根据键长看看，那个N的序号几，假如是N1
那你就在XP里输入 bang N1
看看与N1相连的Q峰有没有1.01A;左右的，有的话就差不多这个Q峰就是那个氢了，下面是一个键长数据网站
http://www.wiredchemist.com/chem ... ergies_lengths.html
如果不行修改INS文件的PLAN 默认是20 你把它改大，有可能那个Q峰太弱没有出来。希望对你有帮助，如果还出不来那我也不知道咋弄了······
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7楼2010-11-05 21:46:49
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乐此不疲

木虫 (正式写手)
wsht212:谢谢交流，希望常来！ 2010-11-06 07:37:26
引用回帖:
Originally posted by Nocturne at 2010-11-05 21:32:10:
我试了下，不可以我通过Q峰找H找不到，根据键长，我的晶体质量不好。



一个H解不出来，就不是晶体质量不好，晶体质量不好连主体结构都出不来的。我前几天也有一个晶体，光找一个氢就找了好长时间.如果你自己实在解不出来就找老师让他帮你解

[ Last edited by 乐此不疲 on 2010-11-5 at 21:53 ]
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8楼2010-11-05 21:50:59
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Nocturne

木虫 (正式写手)
3x
我的骨架确定了，就是加H的问题
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9楼2010-11-05 21:54:24
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Nocturne

木虫 (正式写手)
我把PLAN 放到最大
只有26个残余峰
envi N1
没有发现合理的键长，看来数据不好
引用回帖:
Originally posted by 乐此不疲 at 2010-11-05 14:50:59:

一个H解不出来，就不是晶体质量不好，晶体质量不好连主体结构都出不来的。我前几天也有一个晶体，光找一个氢就找了好长时间.如果你自己实在解不出来就找老师让他帮你解

[ Last edited by 乐此不疲 on 2010- ...

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10楼2010-11-05 22:00:37
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