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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】土壤采样及DGGE问题
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annwt

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】土壤采样及DGGE问题

如果土壤采样为提取DNA 去做DGGE分析，应注意那些问题，
DGGE设备好操作吗？有做过的给点建议!
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1楼 2010-10-28 22:10:40
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:10
呵呵，土壤DNA的提取纯化是关键。后面的DGGE刚跑的时候最好有个人带你做一次，否则你还是要跑几次练手的。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2010-10-28 22:12:04
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:15
scelab(金币+2):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-10-31 00:12:29
采样本身问题不大，从几个点采样后混合在一起，尽量保证土壤中细菌丰度就好了。DNA提取自己配试剂提取就可以了。
DGGE电泳中PCR产物一定好扩增的好才能保证。
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3楼2010-10-29 08:57:10
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在雨中

金虫 (著名写手)
★
annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:19
我觉得,DGGE没有做过的话,具体操作是个坎,很有可能,你要重复操作很多次能才熟悉,得出漂亮的图来
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4楼2010-10-29 12:38:30
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tsq0126

金虫 (小有名气)
★ ★
annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:36
scelab(金币+1):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-10-31 00:12:22
二楼的兄弟，你提取土壤的DNA含量大概有多少，我的每克土壤中只能提取4ug左右，用提取的dna稀释10倍进行pcr,条带不单一，有非特异性扩增。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-10-29 14:51:28
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tsq0126

金虫 (小有名气)
哪位兄弟有过类似的问题，如果有好的方法解决，兄弟感激涕零。
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6楼2010-10-29 14:52:35
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雪剑57689

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
annwt(金币+1):谢谢参与
scelab(金币+2):鼓励新虫！欢迎多来交流！:tiger06: 2010-10-31 00:12:06
annwt(金币+2): 2010-10-31 16:27:29
这个你得重复很多次的  才能出好的结果  个人感觉重复性不是很好  再就是引物问题  得要找一个很保守的引物~~~
赞一下(2人) 回复此楼
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
7楼2010-10-30 21:23:31
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
annwt(金币+2): 2010-10-31 19:03:26
引用回帖:
Originally posted by tsq0126 at 2010-10-29 14:51:28:
二楼的兄弟，你提取土壤的DNA含量大概有多少，我的每克土壤中只能提取4ug左右，用提取的dna稀释10倍进行pcr,条带不单一，有非特异性扩增。

能提取到4ugDNA，DNA的量已经很高了。足以进行下游实验了。
非特异扩增应该不会吧。16S rDNA的通用引物不应该存在非特异扩增啊。
看你的电泳图，应该不是非特异的条带，最下面的是引物二聚体。

[ Last edited by xiadongliang on 2010-10-31 at 17:37 ]
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8楼2010-10-31 17:35:37
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tsq0126

金虫 (小有名气)
★
dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-11-01 18:45:54
annwt(金币+2): 2010-11-02 07:33:18
我现在不确定特异性条带上面拖的是什么东西？最亮的地方就是我的特异性条带，大概250bp,和marker吻合，我做的是嵌套PCR，先扩增16S rDNA全长，大概1600bp，再利用1P产物作为模板，进行V3片段的扩增，对1P产物也做过纯化，扩增的效果和上图一样，不知道是什么原因，哪位大侠帮帮忙，给点建议。
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9楼2010-11-01 18:42:39
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tdong06

木虫 (正式写手)
★
annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+2): 2010-11-03 22:26:25
提高下退火温度试试看。
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10楼2010-11-03 14:31:03
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