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annwt

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】土壤采样及DGGE问题

如果土壤采样为提取DNA 去做DGGE分析,应注意那些问题,
DGGE设备好操作吗?有做过的给点建议!
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tsq0126

金虫 (小有名气)


dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-11-01 18:45:54
annwt(金币+2): 2010-11-02 07:33:18
我现在不确定特异性条带上面拖的是什么东西?最亮的地方就是我的特异性条带,大概250bp,和marker吻合,我做的是嵌套PCR,先扩增16S rDNA全长,大概1600bp,再利用1P产物作为模板,进行V3片段的扩增,对1P产物也做过纯化,扩增的效果和上图一样,不知道是什么原因,哪位大侠帮帮忙,给点建议。
9楼2010-11-01 18:42:39
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献


annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:10
呵呵,土壤DNA的提取纯化是关键。后面的DGGE刚跑的时候最好有个人带你做一次,否则你还是要跑几次练手的。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2010-10-28 22:12:04
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:15
scelab(金币+2):热心虫友,欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-10-31 00:12:29
采样本身问题不大,从几个点采样后混合在一起,尽量保证土壤中细菌丰度就好了。DNA提取自己配试剂提取就可以了。
DGGE电泳中PCR产物一定好扩增的好才能保证。
3楼2010-10-29 08:57:10
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在雨中

金虫 (著名写手)



annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:19
我觉得,DGGE没有做过的话,具体操作是个坎,很有可能,你要重复操作很多次能才熟悉,得出漂亮的图来
4楼2010-10-29 12:38:30
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